Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 24.0% | 230.3 / 30.1 | 100 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/11); new base A (0/24); total (65/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑ACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGT > NC_000913/752986‑753264 | gggTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCatat < 2:156466/140‑1 (MQ=255) gggTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCatat < 2:1921239/140‑1 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATaaaaa > 1:373230/1‑140 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATaaaaa > 2:582259/1‑140 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATaaaaa > 2:2158986/1‑140 (MQ=255) taAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAAt > 1:1721626/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑Acc > 2:993345/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑Acc > 2:1612076/1‑140 (MQ=255) cGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑Accc > 2:248458/1‑140 (MQ=255) cGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑Accc > 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aaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑ACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAat > 2:1555484/1‑140 (MQ=255) aaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGAATTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑ACCCGCCATATGAACGGCGGGTTaaaaa > 2:388055/1‑139 (MQ=255) ttGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑ACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAttttc > 2:63935/1‑138 (MQ=255) ttGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑ACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTAc > 1:1407069/1‑140 (MQ=255) ttgttaatatTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTTTATATAGGTTTTTTAATGTTTTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTT‑AGGAATAAAAAAATCA‑ACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACtt < 2:700282/134‑1 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCA‑ACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGc > 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |