| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 29.8% | 181.9 / 37.4 | 94 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/5); new base C (0/28); total (61/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAG > NC_000913/2001779‑2002051 | agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGaaaaaaa > 1:1429484/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAActgcc < 2:30637/140‑5 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 2:597797/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 1:1661171/1‑140 (MQ=255) aCGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTA‑TTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGt > 1:427545/1‑140 (MQ=255) cGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGt > 2:848842/1‑140 (MQ=255) cGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGt > 1:861228/1‑140 (MQ=255) aaaCAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCg > 2:411981/1‑140 (MQ=255) aaCAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCgg > 1:2046926/1‑140 (MQ=255) cGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt > 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tatGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTg > 2:951070/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:1697567/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:348925/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:2048850/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:2054446/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 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tATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 1:1244159/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:1169896/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:1102091/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:2027883/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:168112/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGATTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGGGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 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tATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGtt > 1:656645/1‑140 (MQ=255) cGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCg > 1:1574838/1‑140 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 1:199068/1‑140 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 2:1156304/1‑140 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 2:454349/1‑140 (MQ=255) cTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc > 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gttttttAATC‑GGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGG‑TAAATCCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa < 2:1576576/138‑1 (MQ=255) gTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAATTTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa > 1:2215348/1‑140 (MQ=255) ttAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGc > 1:1669157/1‑140 (MQ=255) ggACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:539955/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:673290/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 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ccAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc < 1:2125345/140‑1 (MQ=255) ggCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 2:1157747/1‑140 (MQ=255) gCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGa < 2:2054446/140‑1 (MQ=255) cAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 1:454349/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaaacCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 2:1248977/137‑1 (MQ=255) aaaaaaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag > 1:1117487/1‑140 (MQ=255) | AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATC‑GGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGG‑TAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAG > NC_000913/2001779‑2002051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |