| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3583371 = | NA (NA) | 101 (1.900) | 66/278 | 0.0 | NA | pseudogene (334/390 nt) | yrhA | putative uncharacterized protein YrhA |
| ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
TTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCT > NC_000913/3583232‑3583510 | ttttttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAc > 1:799698/1‑140 (MQ=255) ttttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACaa < 2:799698/140‑1 (MQ=255) ttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCTTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGa > 2:58149/1‑140 (MQ=255) tAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGaa < 2:762086/140‑1 (MQ=255) tAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGaa < 1:402016/140‑1 (MQ=255) agagCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACg < 2:854615/140‑1 (MQ=255) gCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGgg > 1:539173‑M1/1‑138 (MQ=255) atggatggATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtga > 2:678669‑M1/1‑135 (MQ=255) tggatggaTTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgat < 1:270880‑M1/140‑7 (MQ=255) tggatggaTTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgat > 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ttCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaa > 1:519577‑M1/1‑126 (MQ=255) cGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaact > 1:241432‑M1/1‑124 (MQ=255) aaGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaactta > 1:315365‑M1/1‑122 (MQ=255) aGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttac < 2:869923‑M1/140‑20 (MQ=255) aGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttac < 1:790690‑M1/140‑20 (MQ=255) aGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttac < 1:343059‑M1/140‑20 (MQ=255) aaTGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgat > 1:476253‑M1/1‑117 (MQ=255) aaTGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgat > 2:738637‑M1/1‑117 (MQ=255) aaTGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgat > 1:764444‑M1/1‑117 (MQ=255) aTGGATTACGATTATTTAGCTTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatt < 1:58149‑M1/140‑25 (MQ=255) aTGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatt < 2:267622‑M1/140‑25 (MQ=255) aTGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatt < 2:180692‑M1/140‑25 (MQ=255) aTGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatt > 1:237861‑M1/1‑116 (MQ=255) aTGGACTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttccagatt < 2:46784‑M1/140‑25 (MQ=255) ggATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgattta < 1:239981‑M1/140‑27 (MQ=255) ggATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgattta < 1:426408‑M1/140‑27 (MQ=255) aTTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:831463‑M1/140‑29 (MQ=255) tACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgt > 1:900159‑M1/1‑110 (MQ=255) cGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat < 1:439072‑M1/140‑33 (MQ=255) attTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAATCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatgg < 2:392019‑M1/140‑38 (MQ=255) tAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt < 1:896472‑M1/140‑41 (MQ=255) ctctCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 2:608707‑M1/1‑96 (MQ=255) ctcGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 2:881575‑M1/1‑94 (MQ=255) cGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg < 1:402249‑M1/140‑49 (MQ=255) cGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:340528‑M1/1‑92 (MQ=255) gAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag > 1:748756‑M1/1‑84 (MQ=255) ttCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 2:611754‑M1/140‑62 (MQ=255) aGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttct < 1:608707‑M1/140‑65 (MQ=255) gTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg < 1:678669‑M1/140‑66 (MQ=255) aaaCCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:489939‑M1/1‑70 (MQ=255) aCCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctat < 1:39872‑M1/140‑73 (MQ=255) cTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca < 2:900159‑M1/140‑75 (MQ=255) ttttGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagc > 1:483944‑M1/1‑64 (MQ=255) 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2:543934‑M1/140‑86 (MQ=255) tttATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagc < 1:458068‑M1/140‑94 (MQ=255) tataGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagcta > 2:452296‑M1/1‑45 (MQ=255) gAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactga < 1:241098‑M1/140‑100 (MQ=255) gAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactga < 2:519577‑M1/140‑100 (MQ=255) ataatGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgg > 2:458165‑M1/1‑38 (MQ=255) taatGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggg < 2:340528‑M1/140‑104 (MQ=255) gatTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgc > 2:843893‑M1/1‑30 (MQ=255) ttCATAAACCCTGATCTACAAAAACGGggcgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgta > 2:841775‑M1/1‑27 (MQ=255) tCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaa > 2:40190‑M1/1‑26 (MQ=255) cTGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaag < 1:436694‑M1/140‑124 (MQ=255) tGATCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagc > 2:182928‑M1/1‑16 (MQ=255) aTCTACAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcac > 2:27133‑M1/1‑14 (MQ=255) cAAGAACGGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccg < 2:483944‑M1/140‑132 (MQ=255) cAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcct > 1:721534/1‑140 (MQ=255) | TTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCT > NC_000913/3583232‑3583510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |