| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 69 (1.340) | 48/270 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
AGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTT > NC_000913/1299367‑1299637 | agttaTAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataat > 1:892001‑M1/1‑132 (MQ=255) gATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtta < 1:378717‑M1/140‑18 (MQ=255) ttCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 2:392648‑M1/1‑120 (MQ=255) ttCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 2:77918‑M1/1‑120 (MQ=255) aCTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg > 2:244842‑M1/1‑113 (MQ=255) aCTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg < 1:77918‑M1/140‑28 (MQ=255) aCTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg < 1:692702‑M1/140‑28 (MQ=255) cTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgc < 2:892001‑M1/140‑29 (MQ=255) gCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcat > 1:536189‑M1/1‑110 (MQ=255) gCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcat > 1:138428‑M1/1‑110 (MQ=255) cTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:899133‑M1/1‑109 (MQ=255) cTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 2:764531‑M1/1‑109 (MQ=255) tctcCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 2:168406‑M1/1‑107 (MQ=255) tctcCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:655705‑M1/1‑107 (MQ=255) ccATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg > 2:508869‑M1/1‑99 (MQ=255) tGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgt > 1:308820‑M1/1‑93 (MQ=255) tATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaat < 1:310360‑M1/140‑51 (MQ=255) aTTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc < 1:314173‑M1/140‑52 (MQ=255) ttctcgcCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatca > 1:617911‑M1/4‑88 (MQ=255) ttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcaga < 2:70622‑M1/140‑55 (MQ=255) cGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa > 1:148197‑M1/1‑84 (MQ=255) gCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaa > 2:352578‑M1/1‑83 (MQ=255) cacaTCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaaga < 1:511074‑M1/140‑60 (MQ=255) cacaTCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaaga > 1:757499‑M1/1‑81 (MQ=255) atcatAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatag > 1:535254‑M1/1‑78 (MQ=255) tcatAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:126301‑M1/140‑64 (MQ=255) tGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:644588‑M1/131‑64 (MQ=255) tGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga > 2:644588‑M1/1‑68 (MQ=255) gggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcgctactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagc > 1:731040‑M1/1‑67 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagcc > 1:562041‑M1/1‑66 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagcc > 2:327425‑M1/1‑66 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagcc > 2:468035‑M1/1‑66 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagcc > 1:731552‑M1/1‑66 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagcc > 2:59355‑M1/1‑66 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagcc > 2:889726‑M1/1‑66 (MQ=255) cTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaa > 1:129537‑M1/1‑64 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaat < 2:536189‑M1/140‑78 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaat < 1:168406‑M1/140‑78 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaat < 1:244842‑M1/140‑78 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaat < 1:500903‑M1/140‑78 (MQ=255) tGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctct > 2:631642‑M1/1‑59 (MQ=255) aagaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctat < 2:502766‑M1/140‑84 (MQ=255) aatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgatt < 1:455017‑M1/140‑90 (MQ=255) ttGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattga < 1:392648‑M1/140‑92 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaat > 2:700797‑M1/1‑47 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattg > 2:472675‑M1/1‑45 (MQ=255) aTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattga > 1:602033‑M1/1‑44 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaa < 2:781425‑M1/140‑98 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagat < 2:617911‑M1/140‑102 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaa > 2:103042‑M1/1‑30 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaagg > 1:203047‑M1/1‑28 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggc < 2:899133‑M1/140‑114 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggca < 1:327425‑M1/140‑115 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggca > 2:76457‑M1/1‑26 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggca > 1:739756‑M1/1‑26 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggca > 2:325093‑M1/1‑26 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggca < 2:308820‑M1/140‑115 (MQ=255) tGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcat > 1:239355‑M1/1‑25 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatgg > 1:141143‑M1/1‑23 (MQ=255) ggTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgca > 1:352359‑M1/1‑18 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaa < 2:138428‑M1/140‑124 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagcta > 1:852641‑M1/1‑13 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagcta > 1:510946‑M1/1‑13 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagcta > 2:277372‑M1/1‑13 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagcta > 1:739512‑M1/1‑13 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctat < 2:298370‑M1/140‑129 (MQ=255) aaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctataga > 1:650330‑M1/1‑9 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagatt < 2:129537‑M1/140‑134 (MQ=255) tGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattc > 2:528210‑M1/1‑6 (MQ=255) aaataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgat < 2:731552‑M1/140‑139 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgata < 2:852641‑M1/140‑140 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgata < 2:535254‑M1/140‑140 (MQ=255) | AGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTT > NC_000913/1299367‑1299637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |