New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 3583379	4 (0.080)	69 (1.300)	51/278	0.1	94.5%	pseudogene (342/390 nt)	yrhA	putative uncharacterized protein YrhA
	?	NC_000913	3583428 =	NA (NA)					noncoding (1/768 nt)	IS1	repeat region

CAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATC  >  NC_000913/3583371‑3583564                                                          |                                                                                                                                          cAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcct                                                         >  1:721534/1‑140 (MQ=255)    gAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcctcct                                                      >  2:88178/1‑140 (MQ=255)       cGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGtt                                                   >  2:862291/1‑140 (MQ=255)       cGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCAAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGtt                                                   >  2:76126/1‑140 (MQ=255)            aGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCt                                              <  2:818766/140‑1 (MQ=255)              tGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTAc                                            <  2:474310/140‑1 (MQ=255)                   ggggATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑Cg                                      <  1:135377/140‑1 (MQ=255)                    gggATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑Cgg                                     >  1:39829/1‑140 (MQ=255)                      gATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑Cgggg                                   <  2:431692/140‑1 (MQ=255)                      gATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑Cgggg                                   <  2:626692/140‑1 (MQ=255)                        ttATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGggtg                                 >  1:465603/1‑140 (MQ=255)                              cATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGt                           <  2:346249/140‑1 (MQ=255)                               aTTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTa                          <  2:681143/140‑1 (MQ=255)                               aTTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACCGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTa                          >  2:61964/1‑140 (MQ=255)                                 ttCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAAc                        <  1:773055/140‑1 (MQ=255)                                   cAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACgg                      >  2:162221/1‑140 (MQ=255)                                          tACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACCGGGGTGGTGCGTGACGGCAAAAg                <  1:566733/140‑1 (MQ=255)                                           aCTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCa              >  1:229012/1‑140 (MQ=255)                                                tGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAccgcc         >  1:19091/1‑140 (MQ=37)                                                 gACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAccgccg        >  2:38700/1‑140 (MQ=37)                                                  aCATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCgg       >  1:660846/1‑140 (MQ=35)                                                      tAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACAt   >  1:691545/1‑140 (MQ=32)                                                      tAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACAt   >  2:99121/1‑140 (MQ=32)                                                       aaaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATc  >  1:356121/1‑140 (MQ=31)                                                          |                                                                                                                                          CAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA‑CGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATC  >  NC_000913/3583371‑3583564

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.