Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,926,366 | 0 | A | C | 27.7% | 289.4 / 27.2 | 130 | G30G (GGT→GGG) | mioC | flavoprotein MioC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/23); new base C (0/36); total (71/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.02e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGT > NC_000913/3926227‑3926503 | tCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTaaaa > 2:420541/1‑140 (MQ=255) tCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGCTGGTaaaa > 1:1589842/1‑140 (MQ=255) cTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑Cct > 1:424930/1‑140 (MQ=255) cTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑Cct > 1:2759386/1‑140 (MQ=255) cTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑Cct > 1:2279444/1‑140 (MQ=255) aTGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTcc > 1:1513344/1‑140 (MQ=255) gCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAg > 2:2309475/1‑140 (MQ=255) gCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAg > 2:1033917/1‑140 (MQ=255) tCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCtt > 2:534268/1‑140 (MQ=255) tCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCtt > 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agaagggTTTTCGGGAATATCTCGGGCACGATGGGGGAAGCTGAGACCCAGCTGTATCCCGGAGGCGGGCAAATCTTCTACCGGGGAACCGGCCAGCGTTTGGGGGGAAACA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgt < 2:828039/140‑1 (MQ=255) agaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgt < 1:486990/140‑1 (MQ=255) agaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgt > 1:1725014/1‑140 (MQ=255) gaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgtg < 2:465248/140‑1 (MQ=255) aaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCCCCGTGGGTGGGGCTGATAACCAGCAAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTCCAGCGTTTCGGTGATAAAC‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgtg < 2:179501/139‑1 (MQ=255) aaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgtgt > 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cccGTGCAGCGTTTCGGTGGAAAAC‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGc < 1:1033917/139‑1 (MQ=255) aCCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGc > 1:2291303/1‑140 (MQ=255) aCCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGc > 1:196985/1‑140 (MQ=255) gTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTa > 2:1594634/1‑140 (MQ=255) gTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTa > 2:1478646/1‑140 (MQ=255) gTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTa > 1:377213/1‑140 (MQ=255) gCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTAtt > 2:1406825/1‑140 (MQ=255) ggttttGGGTGGAAAAC‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTa < 2:2291303/137‑1 (MQ=255) ttttCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACg < 1:1940803/139‑1 (MQ=255) gaaaaac‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAc < 2:1453548/137‑1 (MQ=255) gcaaaa‑CCCGTCCTTTTCCCGGTTTTAACCCTGGTTTTCTGCTACATATTCGGAGCCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAc < 2:2764514/138‑1 (MQ=255) aaac‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAcgcg < 2:924564/140‑1 (MQ=255) aaa‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGt > 2:950005/1‑140 (MQ=255) | TCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCG‑CCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGT > NC_000913/3926227‑3926503 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |