| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,103,150 | A→G | I16T (ATC→ACC) | csgD ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator CsgD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,103,150 | 0 | A | G | 99.4% | 700.6 / ‑5.2 | 180 | I16T (ATC→ACC) | csgD | DNA‑binding transcriptional dual regulator CsgD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (82/97); total (83/97) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTG > NC_000913/1103013‑1103286 | ccATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTc < 2:1615558/140‑1 (MQ=255) gaagaaTAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTa < 2:610839/140‑1 (MQ=255) aagaaTAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTcaac < 1:78788/130‑1 (MQ=255) aagaaTAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTcaac > 2:78788/1‑130 (MQ=255) aagaaTAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTAt > 1:2297536/1‑140 (MQ=255) agaaTAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATg < 2:735627/140‑1 (MQ=255) agaaTAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATg < 1:699925/140‑1 (MQ=255) aataatAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATGAc > 2:419737/1‑140 (MQ=255) ataataGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATGAcc < 2:2019006/140‑1 (MQ=255) ataGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTa > 1:520431/1‑132 (MQ=255) 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attatGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCt > 2:1411151/1‑140 (MQ=255) atGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCtttt > 2:1476144/1‑140 (MQ=255) tGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCttttt > 2:353856/1‑140 (MQ=255) tGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCttttt > 2:104939/1‑140 (MQ=255) tAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCttttttt < 1:1256411/140‑1 (MQ=255) aaTTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTa > 2:687428/1‑140 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agaagaTTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGt > 2:1091869/1‑140 (MQ=255) aagaTTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTg < 2:2156095/140‑1 (MQ=255) aagaTTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTg < 2:920206/140‑1 (MQ=255) gaTTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAGTAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCa < 1:2365094/140‑1 (MQ=255) gaTTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCa < 1:1411151/140‑1 (MQ=255) gaTTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCa < 2:74875/140‑1 (MQ=255) gaTTTAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCa < 2:40841/140‑1 (MQ=255) tttAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCAct < 2:2268147/140‑1 (MQ=255) ttAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCActg < 2:2201067/140‑1 (MQ=255) tAGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCActg < 1:807151/139‑1 (MQ=255) aGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCActgct < 1:917262/140‑1 (MQ=255) aGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCActgct < 2:2391815/140‑1 (MQ=255) aGTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCActgct < 2:2092392/140‑1 (MQ=255) gTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCActgctg < 1:1570119/140‑1 (MQ=255) gTGGTCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCActgctg < 2:846601/140‑1 (MQ=255) | CCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTG > NC_000913/1103013‑1103286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |