| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,649,290 | 1 | . | G | 22.2% | 35.6 / 13.9 | 18 | intergenic (+249/‑92) | ydfC/dicF | Qin prophage; uncharacterized protein YdfC/Qin prophage; small regulatory RNA DicF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/13); new base G (4/0); total (5/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTTCCCTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTT > NC_000913/1649153‑1649410 | atTTCCCTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑gg > 1:61346/1‑140 (MQ=255) cccTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑gggggt > 2:244241/1‑138 (MQ=255) ccTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTa < 2:261568/140‑1 (MQ=255) gTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTAttccttcc < 2:468453/140‑1 (MQ=255) cATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGa < 2:489027/140‑1 (MQ=255) gcgcATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGCGGGGGTTTTTCCTTCCCCTTTGGGGCAACGGGGt > 1:491198/1‑140 (MQ=255) gcATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGt < 1:257161/140‑1 (MQ=255) gcATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGt < 2:591113/140‑1 (MQ=255) gCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGt < 2:371776/140‑1 (MQ=255) ggTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGCGGGGGTTTTTCTTTCCCCCTTG‑GGACACCCGGGTGTCAGGGTggc > 1:4179/1‑138 (MQ=255) cTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATAc < 1:354725/140‑1 (MQ=255) atagCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGAc < 2:524437/140‑1 (MQ=255) agCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGGTTTTTCTTTCCCCCTGTGGGGACCCGGGTGTTAGGGTGGGCAAACGCCTTAATGACaa > 2:138639/1‑140 (MQ=255) gTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCg < 1:117318/140‑1 (MQ=255) tCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGCGGGGGGTTTTCTTTCCCCCTTGGGGGACCCGGGTGGTTGGGTTG‑GCATAAGCTTTAATTGCAAcccccc > 2:1263/1‑138 (MQ=255) ttttCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGc < 1:68870/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGcc < 1:411641/140‑1 (MQ=255) tGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGCGGGGGTTTTTCTTTCCCCG‑TGAGGGAACCCGGGTGTTAGGGTGGGCATCCCCCTTAATGGCAACCCCCCTGCCACGCCCCCtttttttta > 2:109294/1‑135 (MQ=255) cgAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTAt < 2:491198/140‑1 (MQ=255) ggCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGttt < 2:61346/140‑1 (MQ=255) | ATTTCCCTGAAAAGTCAGACCATAACGCGAAAGCGCATGGCGAGGTAGCTGGTTCATAGATAGCCTGTCGTTAAATTTTCGTCGACCGTGCGCTTCCGGTTGTGGCAACCCGCGAAATGGCGCGGCGGTAAGTATGGC‑GGGGTTATTCCTTCCCCGTTGAGGACACCGGGTTGTCAGGTTGACCATACGCTTAAGTGACAACCCCGCTGCAACGCCCTCTGTTATCAATTTTCTGGTGACGTTTGGCGGTATCAGTTT > NC_000913/1649153‑1649410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |