Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,455,892 | T→A | intergenic (‑246/+435) | yfcV ← / ← sixA | putative fimbrial protein YfcV/phosphohistidine phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,455,892 | 0 | T | A | 96.5% | 193.4 / ‑0.9 | 57 | intergenic (‑246/+435) | yfcV/sixA | putative fimbrial protein YfcV/phosphohistidine phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (25/30); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCGAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCAATTTAATTTTACTAATGAGTAAATGTAGATTTAATTAATATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGATCTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGAAAAAACAGGAAGCATATCAACAATGAATGCCAATAGCTTAAAAAACAAACAATGAACATATAATGCGATTGGCATTAACCCGCTTTTGTCGATATAATATATAAA > NC_000913/2455769‑2456028 | aaaTGTATTCGTTGGTGTGGGGTCGAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCAATTTAATTTTACTAATGAGTAAATGTAGATTTAATTAATATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACg < 1:1102081/140‑1 (MQ=255) gTTGGTGTGGGGTCGAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCAATTTAATTTTACTAATGAGTAAATGTAGATTTAATTAATATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACGAAatatatat < 1:323494/140‑1 (MQ=255) tgtgGGGTCGAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCAATTTAATTTTACTAATGAGTAAATGTAGATTTAATTAATATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGATCTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGa > 1:514665/1‑140 (MQ=255) gggTCGAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCAATTTAATTTTACTAATGAGTAAATGTAGATTTAATTAATATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGaaaaa < 2:493519/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) attaatATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGAAAAAACAGGAAGCATATCAACAATGAATGCCAATAGCTTAAAAAACAAACAATg > 2:276506/1‑122 (MQ=255) attaatATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGAAAAAACAGGAAGCATATCAACAATGAATGCCAATAGCTTAAAAAACAAACAATg < 1:276506/122‑1 (MQ=255) tGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGAAAAAACAGGAAGCATATCAACAATGAATGCCAATAGCTTAAAAAACAAACAATGAACATATAAt < 1:738892/122‑1 (MQ=255) tGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGAAAAAACAGGAAGCATATCAACAATGAATGCCAATAGCTTAAAAAACAAACAATGAACATATAAt > 2:738892/1‑122 (MQ=255) aGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGAAAAAACAGGAAGCATATCAACAATGAATGCCAATAGCTTAAAAAACAAACAATGAACATATAATGCGAt < 2:115121/123‑1 (MQ=255) aGGGGAAAGATTATCTTAAGGAACTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGAAAAAACAGGAAGCATATCAACAATGAATGCCAATAGCTTAAAAAACAAACAATGAACATATAATGCGAt > 1:115121/1‑123 (MQ=255) 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AAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCGAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCAATTTAATTTTACTAATGAGTAAATGTAGATTTAATTAATATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAGGATCTTCTAAAAAAACACGAAATATATATTTAGAAAAAACAGGAAGCATATCAACAATGAATGCCAATAGCTTAAAAAACAAACAATGAACATATAATGCGATTGGCATTAACCCGCTTTTGTCGATATAATATATAAA > NC_000913/2455769‑2456028 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |