| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3766089 | 3 (0.040) | coding (3907/4134 nt) | rhsA | rhs element protein RhsA | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653093‑3653230‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT < 1:939480/140‑1AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT < 2:442529/140‑1 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TGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGG > 2:678117/1‑140 TGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGG > 2:530284/1‑140 TGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGG > 2:1262688/1‑140 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCA < 2:1184360/129‑1 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCA > 1:1184360/1‑129 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCA > 2:493960/1‑129 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCA < 1:493960/129‑1 CGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCA < 2:1155285/140‑1 CTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAA > 1:1150625/1‑140 CTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAA < 2:1214170/140‑1 CTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAA < 1:301521/140‑1 TCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTT < 2:839553/126‑1 TCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTT > 1:839553/1‑126 CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG > 2:432729/1‑140 AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653093‑3653230‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |