Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 699,332 | A→G | intergenic (‑155/+242) | asnB ← / ← umpH | asparagine synthetase B/UMP phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 699,332 | 0 | A | G | 94.4% | 120.5 / ‑1.5 | 36 | intergenic (‑155/+242) | asnB/umpH | asparagine synthetase B/UMP phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (14/20); total (15/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 |
TTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAA > NC_000913/699204‑699460 | ttgCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATtgat < 2:593645/140‑1 (MQ=255) cTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAGAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGaa > 1:595795/1‑140 (MQ=255) cTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGaa > 1:583043/1‑140 (MQ=255) tttGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGtattta > 2:583616/1‑123 (MQ=255) tttGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGtattta < 1:583616/123‑1 (MQ=255) ttGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAAttt > 1:978973/1‑140 (MQ=255) cTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTa < 2:978973/140‑1 (MQ=255) cTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTa > 2:563921/1‑140 (MQ=255) cTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTa < 1:293975/140‑1 (MQ=255) tGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGc < 1:563921/140‑1 (MQ=255) tttAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCgg > 1:838894/1‑140 (MQ=255) tAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGt < 2:583043/140‑1 (MQ=255) aTGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTg < 2:755173/140‑1 (MQ=255) tGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGa > 2:1009373/1‑140 (MQ=255) gCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGt < 2:838894/140‑1 (MQ=255) aaaGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAGAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGttt < 2:595795/140‑1 (MQ=255) tgtgCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACg < 1:1009373/140‑1 (MQ=255) tgCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGa < 1:113958/122‑1 (MQ=255) tgCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGa > 2:113958/1‑122 (MQ=255) gCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCaaa > 1:616132/1‑140 (MQ=255) aTTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTg < 2:794221/140‑1 (MQ=255) gAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGt < 1:47169/140‑1 (MQ=255) aaTGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCg > 2:842014/1‑140 (MQ=255) tGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATgc < 1:1023060/140‑1 (MQ=255) aTTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGtt < 1:922807/126‑1 (MQ=255) aTTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGtt > 2:922807/1‑126 (MQ=255) tCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTg < 1:842014/140‑1 (MQ=255) tGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCtt > 1:988660/1‑140 (MQ=255) aaaaaGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATc < 2:988660/140‑1 (MQ=255) aaaaGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc > 1:656369/1‑140 (MQ=255) aaaaGGTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc > 1:1112783/1‑140 (MQ=255) aGGTCTGGTGTGAGGGTGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGa > 2:1083944/1‑126 (MQ=255) aGGTCTGGTGTGAGGGTGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGa < 1:1083944/126‑1 (MQ=255) gTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGa < 2:515305/124‑1 (MQ=255) gTCTGGTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGa > 1:515305/1‑124 (MQ=255) ggTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACaa < 2:656369/140‑1 (MQ=255) ggTGTGAGGATGTATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACaa < 2:1112783/140‑1 (MQ=255) | TTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAA > NC_000913/699204‑699460 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |