| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,999,358 | A→T | Q459L (CAG→CTG) | uvrD → | ssDNA translocase and dsDNA helicase ‑ DNA helicase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,999,358 | 0 | A | T | 98.4% | 204.1 / ‑3.6 | 61 | Q459L (CAG→CTG) | uvrD | ssDNA translocase and dsDNA helicase ‑ DNA helicase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (28/32); total (29/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
CCAACGCGGGGTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCAGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGTATGAGCAGGAGAAGGGCGAAA > NC_000913/3999222‑3999483 | ccAACGCGGGGTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCg < 1:818068/140‑1 (MQ=255)ccAACGCGGGGTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCg < 1:517844/140‑1 (MQ=255) cAACGCGGGGTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGa > 2:58142/1‑140 (MQ=255) cgcgGGGTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGAttt > 1:851482/1‑140 (MQ=255) cgcgGGGTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGAttt > 2:719997/1‑140 (MQ=255) cgGGGTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTAt > 1:272995/1‑140 (MQ=255) ggTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGa > 1:266650/1‑140 (MQ=255) tGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTaa > 2:944339/1‑140 (MQ=255) ggTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAAt > 2:485950/1‑140 (MQ=255) cGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGc > 1:762249/1‑140 (MQ=255) cGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGc > 2:349887/1‑140 (MQ=255) cGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGc > 1:229598/1‑140 (MQ=255) gACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCt < 2:851482/140‑1 (MQ=255) gACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATCAATCGACGCCt < 1:58142/140‑1 (MQ=255) cGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTa < 2:795833/140‑1 (MQ=255) gCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAg > 2:133648/1‑140 (MQ=255) gTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTa < 2:30263/132‑1 (MQ=255) gTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTa > 1:30263/1‑132 (MQ=255) gTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGa < 1:718743/140‑1 (MQ=255) ggTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGaaa > 2:58090/1‑140 (MQ=255) gTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAAc > 1:9193/1‑140 (MQ=255) aTCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGc > 2:944829/1‑140 (MQ=255) tCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGcc < 1:133648/140‑1 (MQ=255) tCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGcc < 2:272995/140‑1 (MQ=255) cgcgcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGcc > 1:539295/1‑139 (MQ=255) cgcgcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGcc < 2:539295/139‑1 (MQ=255) cgcgcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCg > 2:559675/1‑140 (MQ=255) cgcgcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCg > 2:507216/1‑140 (MQ=255) gcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTg < 1:719997/140‑1 (MQ=255) gcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTg < 1:349887/140‑1 (MQ=255) gcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTg < 2:762249/140‑1 (MQ=255) gcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTg < 2:58511/140‑1 (MQ=255) gcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTg < 1:507216/140‑1 (MQ=255) gcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTg < 1:696367/140‑1 (MQ=255) gcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTg < 1:916817/140‑1 (MQ=255) gcgATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTg < 2:266650/140‑1 (MQ=255) ctctGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCg < 1:456266/140‑1 (MQ=255) ctGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCggg < 2:229598/140‑1 (MQ=255) tGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGt > 2:860334/1‑140 (MQ=255) tGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGt > 2:54779/1‑140 (MQ=255) ggcaggcaTGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTa > 1:724826/1‑140 (MQ=255) ggcaggcaTGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGACGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTa > 2:390172/1‑140 (MQ=255) aTGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTaa > 1:473397/1‑138 (MQ=255) aTGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTaa < 2:473397/138‑1 (MQ=255) gTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTcc < 1:599240/140‑1 (MQ=255) tGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCAGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCg > 2:633611/1‑140 (MQ=255) gTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGc < 1:860334/140‑1 (MQ=255) ttGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTaa < 1:923938/125‑1 (MQ=255) ttGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTaa > 2:923938/1‑125 (MQ=255) ttGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCg > 1:880311/1‑140 (MQ=255) cAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTAc < 1:58090/140‑1 (MQ=255) aaaaGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGt < 2:556579/140‑1 (MQ=255) aaaaGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGt < 1:54779/140‑1 (MQ=255) aaaGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGTa < 2:880311/140‑1 (MQ=255) aaGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCgg < 1:500216/124‑1 (MQ=255) aaGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCgg > 2:500216/1‑124 (MQ=255) cGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGTATGAGCAgg > 1:269434/1‑140 (MQ=255) ggCGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGTATGAGCAGGAGAAg < 1:944339/140‑1 (MQ=255) cGAGCTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGTATGAGCAGGAGAAggg < 1:559675/140‑1 (MQ=255) cTGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGTATGAGCAGGAGAAGGGCGaa > 2:260037/1‑140 (MQ=255) tGCCAGCGCCTTGCTGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGTATGAGCAGGAGAAGGGCGaaa < 2:269434/140‑1 (MQ=255) | CCAACGCGGGGTATTGGTGACCGGACGCTGGACGTGGTACGTCAGACATCGCGCGATCGCCAGTTAACACTCTGGCAGGCATGTCGTGAGCTGTTGCAGGAAAAAGCCCTCGCCGGGCGAGCTGCCAGCGCCTTGCAGCGATTTATGGAATTAATCGACGCCTTAGCGCAGGAAACTGCCGATATGCCGCTGCATGTACAGACTGACCGGGTAATTAAAGACTCCGGCCTGCGTACCATGTATGAGCAGGAGAAGGGCGAAA > NC_000913/3999222‑3999483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |