New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2964218 = | 55 (0.880) | 3 (0.050) | 3/268 | 6.2 | 5.5% | intergenic (‑41/+143) | ppdA/thyA | conserved protein PpdA/thymidylate synthase |
? | NC_000913 | 2964321 = | 50 (0.820) | intergenic (‑144/+40) | ppdA/thyA | conserved protein PpdA/thymidylate synthase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAGTATGGAGCGAGGAGAAAAAAAGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCGAAGATGGATTCGGGTTTACGTTT > NC_000913/2964183‑2964459 | cAGTATGGAGCGAGGAGAAAAAAAGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCg < 1:657161/140‑1 (MQ=255) gTATGGAGCGAGGAGAAAAAAAGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGAc < 1:647890/140‑1 (MQ=255) gTATGGAGCGAGGAGAAAAAAAGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGAc < 1:21710/140‑1 (MQ=255) tATGGAGCGAGGAGAAAAAAAGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACg < 2:441008/140‑1 (MQ=255) gAGCGAGGAGAAAAAAAGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGcaca < 1:435399/140‑1 (MQ=255) agaAAAAAAGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTc > 2:912431/1‑140 (MQ=255) aaaaaaGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGc > 1:210940/1‑140 (MQ=255) aaaaaGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGct < 1:1066861/140‑1 (MQ=255) gAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAgg < 2:186813/140‑1 (MQ=255) ggCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATg < 2:556767/140‑1 (MQ=255) ggCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATg < 1:695562/140‑1 (MQ=255) aTTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTa > 2:537739/1‑140 (MQ=255) cttcGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATa > 2:383732/1‑140 (MQ=255) ttcGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAg > 1:157759/1‑140 (MQ=255) ttcGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAg > 2:598731/1‑140 (MQ=255) tcGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGc > 1:599340/1‑140 (MQ=255) cGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGcc > 1:465254/1‑140 (MQ=255) aTCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGgc < 2:599340/140‑1 (MQ=255) tCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGgcg < 2:210940/140‑1 (MQ=255) tATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGcc < 2:1003072/140‑1 (MQ=255) tttACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCAc > 2:672195/1‑123 (MQ=255) tttACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCAc < 1:672195/123‑1 (MQ=255) ttACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCgg > 2:728496/1‑140 (MQ=255) cGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATg < 2:1049232/140‑1 (MQ=255) gTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGa > 1:1012771/1‑140 (MQ=255) tGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGAt < 1:442415/133‑1 (MQ=255) tGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGc > 1:463293/1‑135 (MQ=255) tGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGc < 2:463293/135‑1 (MQ=255) tGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATc > 1:525082/1‑140 (MQ=255) tGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATc > 1:498040/1‑140 (MQ=255) tGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTCGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTAGTAATTAGATAACCACCGGCGCTTTAATGCCCGGGTACGGAtg > 1:686887/1‑139 (MQ=255) tGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGGAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGAt > 2:442415/1‑133 (MQ=255) gTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCtt < 2:990713/140‑1 (MQ=255) ttGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTc > 2:635619/1‑140 (MQ=255) tGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCa > 2:817861/1‑140 (MQ=255) tGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCa < 1:728496/140‑1 (MQ=255) tGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCa < 2:356710/140‑1 (MQ=255) tGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCa < 1:598731/140‑1 (MQ=255) tGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACCGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGGTCGTAGCCTTCa > 2:925739/1‑140 (MQ=255) gCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCaa < 1:379559/140‑1 (MQ=255) ggCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGa < 2:465254/140‑1 (MQ=255) gCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGaa > 1:1031231/1‑140 (MQ=255) gaaTTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCg > 2:140649/1‑140 (MQ=255) gaaTTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCg < 1:817861/140‑1 (MQ=255) tttAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCGAAg < 1:537739/140‑1 (MQ=255) cGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCGAAGATGGa > 1:627588/1‑140 (MQ=255) gAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCGAAGATGGAtt < 1:392584/140‑1 (MQ=255) aGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCGAAGATGGATTc > 2:202295/1‑140 (MQ=255) aGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGACAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTC‑TCGAAACGGGAGTCGAAGATGGATTCg > 1:741041/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCGAAGATGGATTCGGGtt < 1:635619/140‑1 (MQ=255) ccGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCGAAGATGGATTCGGGTTTACGttt > 1:458683/1‑140 (MQ=255) | CAGTATGGAGCGAGGAGAAAAAAAGACGAGGGCCAGTTTCTATTTCTTCGGCGCATCTTCCGGACTATTTACGCCGTTGCAGGACGTTGCAAAATTTCGGGAAGGCGTCTCGAAGAATTTAACGGAGGGTAAAAAAACCGACGCACACTGGCGTCGGCTCTGGCAGGATGTTTCGTAATTAGATAGCCACCGGCGCTTTAATGCCCGGATGCGGATCGTAGCCTTCAATCTCAAAGTCTTCGAAACGGTAGTCGAAGATGGATTCGGGTTTACGTTT > NC_000913/2964183‑2964459 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |