Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,240,985 | 0 | T | G | 26.5% | 96.3 / 14.4 | 49 | S348A (TCT→GCT) | sstT | serine/threonine:Na(+) symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/26); new base G (13/0); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGAC > NC_000913/3240846‑3241119 | gggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGt < 1:290709/140‑1 (MQ=255) cgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGtctc < 1:499205/140‑1 (MQ=255) aTCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTctgctgct < 1:566959/140‑1 (MQ=255) cACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGa < 2:346042/140‑1 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCAc < 1:187249/140‑1 (MQ=255) ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg > 1:531520/1‑140 (MQ=255) cGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg > 1:786109/1‑140 (MQ=255) gtgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:1045492/140‑1 (MQ=255) gtgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:929425/140‑1 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc > 1:128005/1‑140 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:245873/139‑1 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc > 1:632551/1‑140 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 2:245873/1‑139 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTctgct > 1:500236/1‑122 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTctgct < 2:500236/122‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:936110/137‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:936110/1‑137 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTg > 2:589316/1‑140 (MQ=255) gACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTa < 2:128005/140‑1 (MQ=255) ctggctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:648405/131‑1 (MQ=255) ctggctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:648405/1‑131 (MQ=255) ggctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACCGGCCCGTAATATGt > 1:918713/1‑140 (MQ=255) cGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGt < 1:998631/140‑1 (MQ=255) aTACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCg > 2:269174/1‑140 (MQ=255) aCGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa < 2:1091389/140‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa < 1:1212788/140‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa < 2:531520/140‑1 (MQ=255) cTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGa < 2:632551/140‑1 (MQ=255) cTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGa > 1:472462/1‑140 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGata > 1:1019211/1‑140 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGata > 2:231427/1‑140 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTTCTGCTGATCCCCCCTGCCTGTAATATGTTCGGTATTTTGAACGaat > 2:8062/1‑138 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAg > 2:540864/1‑140 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCCCTGGCCTGTAATATGTTTGGTATTTTGAACGATATCGCCATGCAg > 2:999163/1‑140 (MQ=255) tCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAg > 2:879275/1‑140 (MQ=255) cACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCg < 2:786109/140‑1 (MQ=255) cGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTc < 1:999163/140‑1 (MQ=255) cGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGAT‑CCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCg > 1:836330/1‑140 (MQ=255) ggCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCg > 2:554653/1‑140 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGGATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGG‑GGGTGCCGTCgg > 2:213374/1‑140 (MQ=255) ttGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATTCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTatcat < 1:282862/140‑1 (MQ=255) gAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCCGTAATATGTTCGGTATTTCGGACGATATCGCCATGCAGGG‑GGTTGCCGTCGGCTTTatcatcc > 2:212410/1‑139 (MQ=255) aGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCgg < 1:1234631/140‑1 (MQ=255) cGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCg < 1:8062/140‑1 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGGTCTTCTGCTGATTCCCCCGGCCTGTAATATGTTTGGTATTTCGGAAGATATCGCCATTCGGGT‑GGCTGCCCTCGGCTTTTTCATCCGCGTa > 2:275578/1‑140 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACAATATCGCCCTGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTa > 1:612658/1‑140 (MQ=255) ctctGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGAc < 1:212410/140‑1 (MQ=255) tgtgtgCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCCCTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTTGGACGATATTGCCATGCAGGC‑GGGTGGCGGCGGCTTTATCATCCGCGGCTTGCAGGGctct > 2:139901/1‑140 (MQ=255) gtgCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGc > 1:1136681/1‑140 (MQ=255) gCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGa > 1:1062254/1‑140 (MQ=255) cTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGaaa < 1:231427/140‑1 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCCGCTTAATCCACTGGGCCGTAATATGTTTGGTGTTTTGAACGATATCGCCATGCAGGTGGGTTGCC‑TCGGCTTTATCATCTGCGCATTTGAGGACTCCTGCGaaaacc > 2:1202655/1‑137 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGGCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGGATTTTGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACcg > 2:173090/1‑140 (MQ=255) gcgcATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACcgcg > 1:472397/1‑140 (MQ=255) tCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGaa < 1:540864/140‑1 (MQ=255) tCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGaa < 1:554653/140‑1 (MQ=255) gggggggTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTg < 1:275578/140‑1 (MQ=255) gggggTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGAc < 2:1019211/140‑1 (MQ=255) | GGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGT‑GGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGAC > NC_000913/3240846‑3241119 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |