| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,498,463 | G→C | P536P (CCG→CCC) | opgD → | glucan biosynthesis protein D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,498,463 | 0 | G | C | 98.7% | 296.6 / ‑3.4 | 75 | P536P (CCG→CCC) | opgD | glucan biosynthesis protein D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (43/31); total (43/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
AACCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTAAT > NC_000913/1498330‑1498598 | aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAgcg < 1:620019/140‑1 (MQ=255) aCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAgcgc > 1:970195/1‑140 (MQ=255) ccATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCg > 2:313185/1‑140 (MQ=255) aTCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGa > 2:7302/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTgacgac < 1:7302/140‑1 (MQ=255) tATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGtgat < 1:313185/140‑1 (MQ=255) tATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGtgat > 2:204774/1‑140 (MQ=255) tATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGATGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGtgat > 2:999634/1‑140 (MQ=255) aTCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTgacgac > 2:1027742/1‑131 (MQ=255) aTCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTgacgac < 1:1027742/131‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGGTCGATATGCAGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCa < 1:421585/140‑1 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct > 1:972685/1‑140 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct < 2:335849/140‑1 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct > 2:322402/1‑140 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct < 2:818598/140‑1 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct > 1:1039639/1‑140 (MQ=255) tatGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCttcttc > 1:775042/1‑140 (MQ=255) tatGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCttcttc > 1:671478/1‑140 (MQ=255) cGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGa > 1:90433/1‑140 (MQ=255) aTGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGt < 2:972685/140‑1 (MQ=255) tGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTg < 2:143153/140‑1 (MQ=255) cTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTc < 2:464567/140‑1 (MQ=255) cTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTc < 1:204774/140‑1 (MQ=255) cTACGATGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTc < 1:999634/140‑1 (MQ=255) gTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGt > 1:1096208/1‑140 (MQ=255) gTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTaa > 1:110960/1‑140 (MQ=255) gTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTaa > 1:360087/1‑140 (MQ=255) gTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTaa > 2:162618/1‑140 (MQ=255) tCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGt < 2:380797/126‑1 (MQ=255) tCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGt > 1:380797/1‑126 (MQ=255) cAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGACAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAac > 2:260297/1‑140 (MQ=255) gggggACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAacac > 2:1176908/1‑140 (MQ=255) gggACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGa > 1:215007/1‑140 (MQ=255) gACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGt > 2:940841/1‑124 (MQ=255) gACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGt < 1:940841/124‑1 (MQ=255) gACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATc > 2:1155408/1‑140 (MQ=255) cTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGc < 2:1096208/140‑1 (MQ=255) tATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCt > 2:958784/1‑140 (MQ=255) tCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCg > 1:748739/1‑140 (MQ=255) aaaCATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCAtttt > 2:118685/1‑140 (MQ=255) aCATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTc > 2:743509/1‑140 (MQ=255) aCATGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTc > 2:714720/1‑140 (MQ=255) aTGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTccc < 2:748739/140‑1 (MQ=255) aTGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTcc > 2:10429/1‑139 (MQ=255) aTGGCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTcc < 1:10429/139‑1 (MQ=255) ggCTGTATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTa > 1:643095/1‑140 (MQ=255) tATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTa < 1:958784/140‑1 (MQ=255) tATCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTa < 2:152682/140‑1 (MQ=255) aTCAGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTaa < 2:110960/140‑1 (MQ=255) aGTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATg < 1:1176908/140‑1 (MQ=255) gTATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGa > 1:970603/1‑140 (MQ=255) tATTTCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAg < 1:837534/140‑1 (MQ=255) tttCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTa < 1:1155408/140‑1 (MQ=255) tttCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTa < 2:90433/140‑1 (MQ=255) tCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTccc > 2:128572/1‑123 (MQ=255) tCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTccc < 1:128572/123‑1 (MQ=255) tCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTAAt > 1:1177581/1‑140 (MQ=255) tCCCCCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTAAt < 1:730862/140‑1 (MQ=255) | AACCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTAAT > NC_000913/1498330‑1498598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |