| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,805,562 | IS1 (+) +9 bp | coding (381‑389/798 nt) | waaP ← | lipopolysaccharide core heptose (I) kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | 101 (1.200) | 60/276 | 0.2 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3805562 = | 0 (0.000) | coding (389/798 nt) | waaP | lipopolysaccharide core heptose (I) kinase | |||||
| * | ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | 111 (1.330) | 66/274 | 0.1 | 100% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3805570 | 0 (0.000) | coding (381/798 nt) | waaP | lipopolysaccharide core heptose (I) kinase | |||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
ATGGCAAATGAAGCAAAAAGTGGCAAATGTAACAGTCGCGGTGATTTATCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCAACATCACTCAGGCGATGA > NC_000913/3805431‑3805708 | tgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCg < 1:998432‑M2/9‑1 (MQ=255) atctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGca > 2:535545‑M2/129‑140 (MQ=255) atctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGca > 1:989366‑M2/129‑140 (MQ=255) tctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGcac > 2:862264‑M2/128‑140 (MQ=255) aaaTGAAGCAAAAAGTGGCAAATGTAACAGTCGCGGTGATTTATCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtga > 2:422968‑M2/1‑135 (MQ=255) aTGAAGCAAAAAGTGGCAAATGTAACAGTCGCGGTGATTTATCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatg < 1:828144‑M2/140‑8 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACaata < 1:805339‑M2/17‑1 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACaata < 2:1058747‑M2/17‑1 (MQ=255) ggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACaataa > 2:118128‑M2/123‑140 (MQ=255) cacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTc > 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(MQ=255) aagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCt > 1:6948‑M2/97‑125 (MQ=255) gcgGTGATTTATCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatgg < 1:1148401‑M2/140‑38 (MQ=255) gctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCtt < 1:764186‑M2/49‑1 (MQ=255) gTGATTTATCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt < 2:964424‑M2/140‑41 (MQ=255) gTGATTTATCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatt > 1:122506‑M2/1‑100 (MQ=255) gTGATTTATCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatt < 2:122506‑M2/124‑25 (MQ=255) 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2:919106‑M2/1‑95 (MQ=255) cgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGta < 1:317616‑M2/54‑1 (MQ=255) cgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGta < 1:251318‑M2/54‑1 (MQ=255) aTCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:1177665‑M2/140‑48 (MQ=255) gCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc < 1:750490‑M2/140‑54 (MQ=255) gCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1087027‑M2/1‑87 (MQ=255) gCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 2:1087027‑M2/132‑46 (MQ=255) tGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATGAGCATAGGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatgtagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtgg < 2:821664‑M2/140‑60 (MQ=255) gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGcgcg < 2:791175‑M2/71‑1 (MQ=255) ttACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg < 1:736969‑M2/140‑66 (MQ=255) ttACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg < 1:658088‑M2/140‑66 (MQ=255) aCGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtt < 1:839002‑M2/140‑68 (MQ=255) gCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttc < 2:813965‑M2/140‑70 (MQ=255) aCCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttcta < 2:516713‑M2/140‑72 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGAt > 2:1425072‑M2/59‑140 (MQ=255) aagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATgcg < 2:92813‑M2/69‑1 (MQ=255) agtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTa < 2:1322985‑M2/85‑1 (MQ=255) 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cGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacg > 2:207023‑M2/1‑39 (MQ=255) cTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggg > 2:736969‑M2/1‑37 (MQ=255) aaCACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtg < 1:858132‑M2/140‑107 (MQ=255) aaCACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttc < 1:416549‑M2/124‑91 (MQ=255) acacGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtgg < 1:369885‑M2/140‑108 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAAt < 2:1285242‑M2/107‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggc < 1:163840‑M2/140‑119 (MQ=255) ggagtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGcc > 2:450726‑M2/13‑140 (MQ=255) ggCGGGTTGACTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggca < 2:399379‑M2/140‑120 (MQ=255) agtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTatgaactcaaa > 2:1241178‑M2/11‑135 (MQ=255) agtcattaccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCaa > 1:1122714‑M2/11‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) taccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCAACATCAc > 2:684669‑M2/5‑140 (MQ=255) taccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCAACATCAc > 2:174331‑M2/5‑140 (MQ=255) aCTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccg > 1:1406011‑M2/1‑12 (MQ=255) aCTGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccg > 2:950192‑M2/1‑12 (MQ=255) ccGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCAACATCACTc < 1:479277‑M2/138‑1 (MQ=255) tGCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgcc < 2:390441‑M2/140‑131 (MQ=255) gCCCAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccg > 1:579549‑M2/1‑9 (MQ=255) cccAATCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcac > 1:1040931‑M2/1‑8 (MQ=255) cccAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCAACATCACTCAgg > 1:1010554/1‑140 (MQ=255) cAATCGggtgatgctgcaaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggac < 1:1206424‑M2/140‑135 (MQ=255) aaTCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggaca < 2:898308‑M2/140‑136 (MQ=255) aaTCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgaccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggaca > 1:1069355‑M2/1‑5 (MQ=255) tCGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatc > 2:1082301‑M2/1‑3 (MQ=255) tCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCAACATCACTCAGGCg < 1:1124202/137‑1 (MQ=255) tCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCAACATCACTCAGGCg > 2:1124202/1‑137 (MQ=255) cGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatca < 1:868991‑M2/140‑139 (MQ=255) cGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatca < 2:833729‑M2/140‑139 (MQ=255) | ATGGCAAATGAAGCAAAAAGTGGCAAATGTAACAGTCGCGGTGATTTATCCCTGCAGTATGCATTTTACGCACCATAGTTGCTACACGTGCGATCAGCATACGCTTAACACGTATATCAGGCGGGTTGACTGCCCAATCGGCACAATAATCTTCAAGGCTAATTGTGGGAGTGAGATCTTCGGTAATAATAAATGATGCGCGAGTTAATGGATTTAACCCTTTTTCGCCAAACCCAATGCCCTTCATTGTATCAACGCCAACATCACTCAGGCGATGA > NC_000913/3805431‑3805708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |