| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,039,467 | 0 | G | A | 73.0% | 36.7 / 53.2 | 74 | noncoding (1949/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/11); new base A (32/22); total (41/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCA > NC_000913/4039330‑4039528 | cgaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCagg > 1:1179964/5‑140 (MQ=2) gaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 1:615947/137‑1 (MQ=2) gaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 1:115871/137‑1 (MQ=2) gaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 2:883764/137‑1 (MQ=2) gaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 1:791521/137‑1 (MQ=2) gaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 1:508100/137‑1 (MQ=2) gaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 2:226459/137‑1 (MQ=2) gaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 2:403318/137‑1 (MQ=2) gaagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 1:180945/137‑1 (MQ=2) gACGTATTCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGt < 2:1579715/140‑1 (MQ=255) gACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGt < 1:1612933/140‑1 (MQ=40) gACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGt < 1:1646036/140‑1 (MQ=40) aagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTa > 1:258535/3‑140 (MQ=2) aagTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTa > 1:428800/3‑140 (MQ=2) taCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTc > 2:1608690/1‑140 (MQ=40) cgggctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTctg > 2:523368/6‑138 (MQ=2) cgggctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTctg > 2:170352/6‑138 (MQ=2) gggctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTctga < 2:111608/136‑4 (MQ=2) gtgtGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAc > 1:1591123/1‑140 (MQ=40) tgtgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAcc > 1:1307996/1‑140 (MQ=40) tgtgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAcc > 2:1528371/1‑140 (MQ=40) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTGAATTCTGAcc > 2:852736/3‑140 (MQ=2) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcc > 2:1114392/3‑140 (MQ=2) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcc < 1:170352/138‑1 (MQ=2) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcc > 2:236326/3‑140 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt > 1:1025832/2‑128 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 2:1025832/127‑1 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 1:833887/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:251651/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 1:927598/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:387754/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:10872/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:66036/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCAGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTCTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:1153186/2‑139 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcccg < 2:492363/140‑3 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcccg > 2:529986/1‑138 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcccg < 2:643249/140‑3 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTg < 2:1451309/140‑1 (MQ=40) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:243950/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:228430/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:546776/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:732345/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:996598/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:163935/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:475585/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:434180/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:558351/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:927876/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:1015781/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:150360/1‑140 (MQ=2) aCGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt > 2:556013/1‑125 (MQ=2) aCGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt > 1:924935/1‑125 (MQ=2) aCGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 2:924935/125‑1 (MQ=2) aCGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 1:556013/125‑1 (MQ=2) cGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCAc > 2:904253/1‑140 (MQ=2) cGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCAc > 2:931371/1‑140 (MQ=2) gCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACg < 1:237676/140‑1 (MQ=2) gCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAG‑‑‑GCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGAAt < 1:129428/140‑1 (MQ=2) ccTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGa > 2:1314418/1‑140 (MQ=40) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 1:1153186/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:299612/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:258535/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:163935/140‑1 (MQ=2) tGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGTGA‑GCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGAAt < 2:1201807/140‑1 (MQ=2) gCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAat < 1:1608690/140‑1 (MQ=40) aGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGc < 2:1764142/140‑1 (MQ=40) aGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGc < 2:1293364/140‑1 (MQ=40) ggTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGcc < 2:1725775/140‑1 (MQ=40) ttAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAg > 1:1508219/1‑140 (MQ=40) ttAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAg > 2:1643283/1‑140 (MQ=40) tAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAgg < 1:1405031/140‑1 (MQ=40) aTGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct < 1:1528371/140‑1 (MQ=40) ggggTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTcc < 2:1338194/140‑1 (MQ=40) aaGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCa > 1:1284364/1‑140 (MQ=32) aaGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCa > 2:1505166/1‑140 (MQ=32) | GGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCA > NC_000913/4039330‑4039528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |