| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,039,477 | 0 | C | T | 68.0% | 33.9 / 43.4 | 50 | noncoding (1959/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/8); new base T (24/10); total (32/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCA > NC_000913/4039341‑4039528 | gtgtGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAc > 1:1591123/1‑140 (MQ=40) tgtgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAcc > 1:1307996/1‑140 (MQ=40) tgtgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAcc > 2:1528371/1‑140 (MQ=40) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTGAATTCTGAcc > 2:852736/3‑140 (MQ=2) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcc > 2:236326/3‑140 (MQ=2) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcc > 2:1114392/3‑140 (MQ=2) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcc < 1:170352/138‑1 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:10872/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 1:927598/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 1:833887/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:66036/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:387754/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:251651/2‑139 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCAGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTCTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:1153186/2‑139 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcccg > 2:529986/1‑138 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcccg < 2:643249/140‑3 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcccg < 2:492363/140‑3 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTg < 2:1451309/140‑1 (MQ=40) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:546776/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:243950/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:228430/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:1015781/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:927876/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:558351/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:475585/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:434180/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:163935/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:732345/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 1:150360/1‑140 (MQ=2) gACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc > 2:996598/1‑140 (MQ=2) cGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCAc > 2:904253/1‑140 (MQ=2) cGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCAc > 2:931371/1‑140 (MQ=2) gCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACg < 1:237676/140‑1 (MQ=2) gCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAG‑‑‑GCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGAAt < 1:129428/140‑1 (MQ=2) ccTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGa > 2:1314418/1‑140 (MQ=40) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:258535/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:299612/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:163935/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAA‑GGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 1:1153186/140‑1 (MQ=2) tGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGTGA‑GCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGAAt < 2:1201807/140‑1 (MQ=2) gCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAat < 1:1608690/140‑1 (MQ=40) aGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGc < 2:1764142/140‑1 (MQ=40) aGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGc < 2:1293364/140‑1 (MQ=40) ggTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGcc < 2:1725775/140‑1 (MQ=40) ttAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAg > 2:1643283/1‑140 (MQ=40) ttAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAg > 1:1508219/1‑140 (MQ=40) tAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAgg < 1:1405031/140‑1 (MQ=40) aTGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct < 1:1528371/140‑1 (MQ=40) ggggTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTcc < 2:1338194/140‑1 (MQ=40) aaGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCa > 2:1505166/1‑140 (MQ=32) aaGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCa > 1:1284364/1‑140 (MQ=32) | GTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAA‑TTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCA > NC_000913/4039341‑4039528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |