Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,426,996	G→T	noncoding (38/76 nt)	alaU ←	tRNA‑Ala

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,426,996	0	G	T	100.0%	69.6 / NA	21	noncoding (38/76 nt)	alaU	tRNA‑Ala
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (9/12);  total (9/12)

GATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGC  >  NC_000913/3426956‑3427128                                         |                                                                                                                                     acaaatggagccaAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccac                                        <  1:192543‑M1/130‑54 (MQ=255) acaaatggagccaAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccac                                        >  2:192543‑M1/6‑82 (MQ=255)    aatggagCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctca                                <  1:11709‑M1/138‑62 (MQ=255)      ttgagCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                              <  2:1116214‑M1/138‑64 (MQ=255)      tggAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                              <  1:1104791‑M1/140‑64 (MQ=255)      tggAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                              <  2:771158‑M1/140‑64 (MQ=255)      tggAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                              <  2:556350‑M1/140‑64 (MQ=255)         agccaagcgggatCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcaccctt                           >  2:378835‑M1/7‑74 (MQ=255)          gccaagcgggaTCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcaccctta                          >  1:1058953‑M1/6‑73 (MQ=255)             aagcgGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatca                       <  1:361768‑M1/138‑71 (MQ=255)               gCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcagg                     >  2:189072‑M1/1‑68 (MQ=255)                cGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                              <  1:987845‑M1/130‑64 (MQ=255)                cGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                              >  2:987845‑M1/1‑67 (MQ=255)                  ggATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggt                  >  2:878192‑M1/1‑65 (MQ=255)                   gATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtg                 >  1:839212‑M1/1‑64 (MQ=255)                     tCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcg               <  2:19149‑M1/140‑79 (MQ=255)                     tCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcg               <  2:839212‑M1/140‑79 (MQ=255)                            gctgaccTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaac        <  2:23345‑M1/137‑86 (MQ=255)                            gctgaccTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaac        <  1:347067‑M1/137‑86 (MQ=255)                             ctgacCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaacc       >  2:548968‑M1/3‑54 (MQ=255)                                  ctcctGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaaccagctg  >  2:1080798‑M1/1‑49 (MQ=255)                                         |                                                                                                                                     GATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGC  >  NC_000913/3426956‑3427128

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑