Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,279,622 | T→G | F382V (TTT→GTT) | ghxP → | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,279,622 | 0 | T | G | 96.5% | 100.9 / ‑3.5 | 29 | F382V (TTT→GTT) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (16/12); total (17/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.15e-01 |
ATCACCGTTGGCGTGCTGTTCCTCCTGATTCTGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACTTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGACTCTGGTGATTGGTCGTCTGGTTTCCGGCGAA > NC_000913/4279490‑4279750 | aTCACCGTTGGCGTGCTGTTCCTCCTGATTCTGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGa < 1:1700547/140‑1 (MQ=255) ttGGCGTGCTGTTCCTCCTGATTCTGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTttgtt > 2:1408413/1‑140 (MQ=255) ggCGTGCTGTTCCTCCTGATTCTGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGa > 2:1249384/1‑140 (MQ=255) tcctGATTCTGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGt < 1:1244031/140‑1 (MQ=255) tCTGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTa < 1:1768130/140‑1 (MQ=255) tGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACg > 1:1536049/1‑140 (MQ=255) tGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACg > 2:1279168/1‑140 (MQ=255) gTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACgg < 1:1388343/140‑1 (MQ=255) tCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCt > 2:1297963/1‑140 (MQ=255) tcCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCa > 2:1307035/1‑140 (MQ=255) cGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATc > 1:1571892/1‑140 (MQ=255) tctctTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTg < 2:1536049/140‑1 (MQ=255) ctTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTg < 1:1279168/140‑1 (MQ=255) tACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGAc > 2:1283065/1‑140 (MQ=255) cGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTa > 2:1265234/1‑140 (MQ=255) ttCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAAc > 1:1350091/1‑140 (MQ=255) gTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTaa < 1:1615248/140‑1 (MQ=255) gTAGGCAATGGCTCCGGCGCGGTTGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGTCCAACATGGAGAAAATCGGCTTTGGTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTaa < 2:892465/140‑1 (MQ=255) tGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAg > 2:1293722/1‑140 (MQ=255) cTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATg > 2:1739997/1‑140 (MQ=255) cTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATg > 2:1781331/1‑140 (MQ=255) gATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTcg < 1:1408413/140‑1 (MQ=255) cGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGActc < 1:1283065/140‑1 (MQ=255) gCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGACTCTGGTg > 1:1425975/1‑140 (MQ=255) ctgctgATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGACTCTGGTGAt < 1:1297963/140‑1 (MQ=255) gatgctgaGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGACTCTGGTGATTGgtc < 1:1265234/140‑1 (MQ=255) gctgaGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGGTACGGCCGTTTTCATTGTGCTGACCCGTAACATCGTTACAGGCATCATGTTCGGCTTCCCGGCCCTGGTGATTGgtcgtc > 2:1307431/1‑140 (MQ=255) gaGCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGACTCTGGTGATTGGTCGTCTgg < 1:1307035/140‑1 (MQ=255) gCAACGTGGCGAAAATCGACGTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGACTCTGGTGATTGGTCGTCTGGtt > 1:1575698/1‑140 (MQ=255) cGAAAATCGACTTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGACTCTGGTGATTGGTCGTCTGGTTTCCGGCGaa > 2:1708896/1‑140 (MQ=255) | ATCACCGTTGGCGTGCTGTTCCTCCTGATTCTGTTCCTCTCTCCGCTCTCTTACCTCGTTCCGGGGTATGCAACGGCTCCGGCGCTGATGTACGTTGGCCTGCTGATGCTGAGCAACGTGGCGAAAATCGACTTTGCTGATTTTGTTGATGCGATGGCGGGTCTGGTTACGGCTGTATTCATCGTGCTGACCTGTAACATCGTAACAGGCATCATGATCGGCTTCGCGACTCTGGTGATTGGTCGTCTGGTTTCCGGCGAA > NC_000913/4279490‑4279750 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |