Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,039,386 | 0 | C | G | 67.3% | 183.4 / 219.9 | 205 | noncoding (1868/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/39); new base G (56/82); total (84/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CTCGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGA > NC_000913/4039249‑4039524 | cTCGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGc > 1:1913667/1‑140 (MQ=32) gAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCg < 2:1880253/140‑1 (MQ=37) aaaTCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGctc > 2:2129266/1‑140 (MQ=40) aGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGAt > 1:1757173/1‑140 (MQ=40) aaGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 1:2277876/1‑140 (MQ=40) aaGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 2:2031985/1‑140 (MQ=40) aaGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAg < 1:2028308/140‑1 (MQ=40) tggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAc > 1:1608026/1‑140 (MQ=40) ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcg > 1:2122444/1‑140 (MQ=40) gctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcgg > 2:1892846/1‑140 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1:1226583/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:315558/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:355725/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:1336099/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:572873/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCAGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:1505958/139‑1 (MQ=2) aaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 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ataCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGtt > 2:1925484/1‑140 (MQ=40) ataCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGtt > 2:1723098/1‑140 (MQ=40) acgggctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGt < 2:411720/127‑1 (MQ=2) cgggctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCACAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTctg > 1:492784/6‑138 (MQ=2) cGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCg < 2:1799575/140‑1 (MQ=40) gggctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGa < 2:644731/136‑1 (MQ=2) 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cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGTGGTAACCCGAAGCTGTTAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:1217990/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa > 1:862917/1‑140 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:1194955/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:810663/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 1:1092688/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTATGACCCGCACGaa < 2:824440/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGaa < 2:2267229/140‑1 (MQ=40) cGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCg < 1:1925484/140‑1 (MQ=40) cGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCg < 1:1845371/140‑1 (MQ=40) cgggAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGCAAGGGGAAGATCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTGGCGAAATTCCTTGTGGGGTAAGTTCCGACCTGCGCGAATGGCGTAatg < 2:2277876/138‑1 (MQ=11) tAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAgg < 1:1892846/140‑1 (MQ=40) aTGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct < 1:1947330/140‑1 (MQ=40) | CTCGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGA > NC_000913/4039249‑4039524 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |