| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,039,400 | 0 | C | G | 68.7% | 164.4 / 204.3 | 201 | noncoding (1882/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/36); new base G (56/82); total (83/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
AAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGT > NC_000913/4039261‑4039530 | aaaTCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGctc < 1:1720221/140‑1 (MQ=40)aaaTCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGctc > 2:2129266/1‑140 (MQ=40) cGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGa < 1:2158125/140‑1 (MQ=40) aaGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 1:2277876/1‑140 (MQ=40) 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cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 1:184440/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:1194955/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTATGACCCGCACGaa < 2:824440/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTACTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 1:1352337/140‑1 (MQ=2) tGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTaa > 1:1757589/1‑140 (MQ=40) gCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAGGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAat < 2:2270141/140‑1 (MQ=255) aaGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATgg < 1:2129266/140‑1 (MQ=40) tAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAgg < 1:1892846/140‑1 (MQ=40) ccGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCCCCCgaga < 2:1819538/140‑1 (MQ=25) gCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACt > 1:1736038/1‑140 (MQ=33) aGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAg > 2:2087191/1‑140 (MQ=31) ggCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAGACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGt < 1:2118960/140‑1 (MQ=11) | AAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGT > NC_000913/4039261‑4039530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |