Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,039,415 | 0 | G | A | 71.5% | 113.2 / 152.2 | 193 | noncoding (1897/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/32); new base A (56/82); total (79/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGT > NC_000913/4039282‑4039530 | ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcg > 1:2122444/1‑140 (MQ=40) gctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcgg > 2:1892846/1‑140 (MQ=40) gctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTAAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcgg > 2:1625957/1‑140 (MQ=255) aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGcc < 1:1680712/140‑1 (MQ=40) aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGcc < 1:1615110/140‑1 (MQ=40) aCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCg < 1:1782131/140‑1 (MQ=40) cTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGt < 1:2157575/140‑1 (MQ=40) taAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:2088939/140‑1 (MQ=40) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:547011/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:1175784/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:2305340/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:191132/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:2161343/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:86787/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:757403/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:904434/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:1226583/139‑1 (MQ=2) caaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 2:566518/139‑1 (MQ=2) aaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:650288/140‑1 (MQ=2) aaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:1385036/140‑1 (MQ=2) aaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 2:771877/140‑1 (MQ=2) aaaaaCACAGGTCTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 2:1207132/140‑1 (MQ=2) 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gtcTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAgg < 1:1607915/138‑1 (MQ=2) tcTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGTGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGTAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGt < 2:608003/139‑1 (MQ=2) tcTGTGCGAAGCCGTAAGGCGAAGTATACGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGt < 2:287674/139‑1 (MQ=2) tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCg < 2:2122444/140‑1 (MQ=40) tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCg > 1:2267229/1‑140 (MQ=40) tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCg > 1:1840953/1‑140 (MQ=40) 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gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcc < 1:337601/138‑1 (MQ=2) gctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcc < 1:89270/138‑1 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTctga < 2:1123798/136‑4 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGa > 1:1123798/2‑137 (MQ=2) ctgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAccc > 2:1495522/2‑139 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGAcccg < 2:1091069/140‑3 (MQ=2) 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cGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCAc > 2:1506967/1‑140 (MQ=2) gCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGTCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACg < 2:1999310/140‑1 (MQ=2) gCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACg < 1:1495522/140‑1 (MQ=2) cttGCCGGGTGCCTGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGGAGCGTAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGa < 2:2110298/138‑1 (MQ=14) ccTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAATCGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGa < 2:1584780/140‑1 (MQ=255) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 1:1092688/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 2:810663/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTATGACCCGCACGaa < 2:824440/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTACTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 1:1352337/140‑1 (MQ=2) cTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGaa < 2:2267229/140‑1 (MQ=40) tGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGGGGAGCGGTTAGGGGTAACCCGAAGCTGTGAACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCAGCACGAAt < 1:1438683/140‑1 (MQ=2) tGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAt < 2:2318596/140‑1 (MQ=40) cGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCg < 1:1925484/140‑1 (MQ=40) cGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCg < 1:1845371/140‑1 (MQ=40) cgggAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGCAAGGGGAAGATCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTGGCGAAATTCCTTGTGGGGTAAGTTCCGACCTGCGCGAATGGCGTAatg < 2:2277876/138‑1 (MQ=11) aTGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct < 1:1947330/140‑1 (MQ=40) ccGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCCCCCgaga < 2:1819538/140‑1 (MQ=25) gCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACt > 1:1736038/1‑140 (MQ=33) | TGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCCGCAAGGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGT > NC_000913/4039282‑4039530 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |