| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 225,548 | 0 | T | A | 71.0% | 128.9 / 60.4 | 69 | noncoding (49/76 nt) | alaV | tRNA‑Ala |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/9); new base A (20/29); total (31/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAATG > NC_000913/225416‑225687 | agcgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTc < 1:1376237‑M1/60‑1 (MQ=255) cgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgtttatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGa < 2:191391‑M1/58‑1 (MQ=255) cgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGATAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGcggttaga < 2:1186710‑M1/58‑4 (MQ=255) cgcacccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGa < 1:213827‑M1/58‑1 (MQ=255) cgcacccatgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGa < 1:881194‑M1/62‑1 (MQ=255) gcacccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGAt > 2:435597‑M1/78‑140 (MQ=255) cacccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATc > 1:384781‑M1/81‑140 (MQ=255) cacccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATc > 2:1294063‑M1/81‑140 (MQ=255) ccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGATAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTAGATCCCg > 1:1186710‑M1/78‑140 (MQ=255) ccctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCg < 1:983467‑M1/63‑1 (MQ=255) ccctgataagggtgaggtaggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCg < 1:531534‑M1/63‑1 (MQ=255) cctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGc > 2:983467‑M1/77‑140 (MQ=255) cctgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGc > 1:673176‑M1/73‑140 (MQ=255) tgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGTGGTTCGATCCcgctt > 1:888155‑M1/75‑138 (MQ=255) tgataagggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCcgctt > 2:104934‑M1/75‑138 (MQ=255) 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2:110482‑M1/68‑135 (MQ=255) ggttaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGATGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTcca < 2:1056233‑M1/73‑1 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGAtcccgcttggc < 2:202062‑M1/69‑6 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGAtcccgcttggc > 1:202062‑M1/68‑131 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTcca < 2:725310‑M1/73‑1 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTcca < 2:1209749‑M1/73‑1 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTcca < 1:1235344‑M1/73‑1 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTcca < 1:101290‑M1/73‑1 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTcca < 2:529010‑M1/73‑1 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGATAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTcca < 2:922173‑M1/77‑1 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATcc < 1:533366‑M1/65‑1 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATcc > 2:533366‑M1/64‑128 (MQ=255) ggtgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTcca < 1:524313‑M1/77‑1 (MQ=255) tgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGctccatt < 1:243179‑M1/75‑3 (MQ=255) tgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGctccatt < 2:283561‑M1/79‑3 (MQ=255) tgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGctccatt < 1:1444867‑M1/79‑3 (MQ=255) tgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGctccatt < 2:508768‑M1/79‑3 (MQ=255) tgaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTAGATCCCGCTTGGctccatt < 2:36239‑M1/79‑3 (MQ=255) gaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATc < 2:50965‑M1/60‑1 (MQ=255) gaggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATc > 1:50965‑M1/65‑124 (MQ=255) aggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaataaGGGCC‑ATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTtggctccatttgt < 2:1147873‑M1/77‑6 (MQ=255) aggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTggctccatttg < 2:1549939‑M1/81‑5 (MQ=255) ggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTtggctccatttgt > 2:436110‑M1/63‑135 (MQ=255) ggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTtggctccatttgt > 2:101290‑M1/63‑135 (MQ=255) ggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTtggctccatttgt > 2:243179‑M1/63‑135 (MQ=255) ggtcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTtggctccatttgt < 2:1114860‑M1/82‑6 (MQ=255) tcggtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaTTAAGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGcttggctccatttgttc > 1:1159044‑M1/57‑133 (MQ=255) gtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCcgctt < 2:948940‑M1/66‑3 (MQ=255) gtggttcgagtccactaaggcccaccattatcaacacatgagtgttgatcccaatacGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAAGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCcgctt > 1:948940‑M1/58‑121 (MQ=255) gCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGTACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGtt > 1:1830812/1‑140 (MQ=17) aTTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATaaaaa < 1:1810169/140‑1 (MQ=33) aCGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACtt < 1:2316965/140‑1 (MQ=33) gTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCaaa > 1:1689869/1‑140 (MQ=32) tAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATTCTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGtt < 1:1611121/140‑1 (MQ=17) aTGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCCCCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCg < 2:1897241/140‑1 (MQ=17) aTGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCg < 2:2161450/140‑1 (MQ=33) aTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGtt < 2:2093185/140‑1 (MQ=33) ggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGc > 1:2297627/1‑140 (MQ=32) gCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTTCCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGct < 2:1968840/140‑1 (MQ=17) taGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCttt > 2:2022159/1‑140 (MQ=32) taGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTACTCttt > 2:2120325/1‑140 (MQ=17) cTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCt > 1:1692765/1‑140 (MQ=32) gggAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTgg > 2:1868062/1‑140 (MQ=32) agagCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATc < 1:1811855/140‑1 (MQ=32) gcgcCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAg > 2:2251868/1‑140 (MQ=32) ccTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTg < 2:1689869/140‑1 (MQ=32) ccTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTg > 1:1763060/1‑140 (MQ=32) cTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGaaaa > 2:1795108/1‑140 (MQ=32) tgtaCGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTTAAAATTg < 2:1830812/137‑1 (MQ=17) ggaggTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTg > 2:1602557/1‑140 (MQ=32) tGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAATg > 1:2111700/1‑140 (MQ=33) tGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAATg > 2:1944601/1‑140 (MQ=34) | ATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAATG > NC_000913/225416‑225687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |