Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 583,505 | A→T | intergenic (+445/‑176) | tfaX → / → appY | DLP12 prophage; protein TfaX/DNA‑binding transcriptional activator AppY |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 583,505 | 0 | A | T | 96.5% | 95.1 / ‑3.4 | 29 | intergenic (+445/‑176) | tfaX/appY | DLP12 prophage; protein TfaX/DNA‑binding transcriptional activator AppY |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (15/13); total (16/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.50e-01 |
GCAAGTAAAAATGATACTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGTTGACATATATATAGCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGT > NC_000913/583366‑583635 | gCAAGTAAAAATGATACTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGTTGACATATATATAGCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTa < 1:1737196/140‑1 (MQ=255) aGTAAAAATGATACTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGTTGACATATATATAGCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGaa < 2:1894080/140‑1 (MQ=255) ttctctTTTTATTTTAAATTCAAACGGTTGACATATATATAGCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAaacaac < 2:2098061/138‑1 (MQ=255) aCTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGTTGACATATATATAGCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAacaaca > 2:1718499/1‑140 (MQ=255) ctTTTTATTTTAAATTCAAACGGTTGACATATATATAGCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAacatac < 1:1655479/140‑1 (MQ=255) atataGCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATttatt > 2:1573966/1‑140 (MQ=255) agagGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTg > 1:1635709/1‑140 (MQ=255) agagGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTg < 1:1718499/140‑1 (MQ=255) gagGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGc > 1:1745073/1‑140 (MQ=255) gagGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGc > 1:1792260/1‑140 (MQ=255) gagGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGc > 2:2277177/1‑140 (MQ=255) gagGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGc > 2:2044830/1‑140 (MQ=255) gagGTATCTGGTGCGTTGTAGTGAGATTATGTTAATAAAAAGCATAGAAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGCAATAAGTCTGAATAAAAAACAACATACATATCATAATTTAATCGTAAATGAAATTTATTAAAATTTGc > 2:1767571/1‑140 (MQ=255) tCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACta < 2:1811703/140‑1 (MQ=255) cGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAAtttt > 2:1722112/1‑140 (MQ=255) aGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGtat < 2:2270841/140‑1 (MQ=255) aGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATaaaa > 1:2313204/1‑140 (MQ=255) aGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATaaaa > 1:1672475/1‑140 (MQ=255) aTGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAAtata > 2:2172485/1‑140 (MQ=255) aTGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAAtata > 1:2284580/1‑140 (MQ=255) ttAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAAt < 2:1863495/140‑1 (MQ=255) taaAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGcac > 1:2136614/1‑140 (MQ=255) aGCATAGT‑AGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACatcatc < 1:1701599/140‑1 (MQ=255) gCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACatcatc < 2:1687421/140‑1 (MQ=255) gCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACatcatc < 1:2279850/140‑1 (MQ=255) gCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACatcatc < 1:1573966/140‑1 (MQ=255) gTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGAt > 1:1704125/1‑140 (MQ=255) gTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGAt > 2:1631163/1‑140 (MQ=255) aaaaTGTAACTTTGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTgtgt > 1:1852782/1‑140 (MQ=255) ttGAAATAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTGTGATTGTGTATTTAATTGgt < 2:2308098/140‑1 (MQ=255) aaaTAAGTTTGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGgttgt < 2:2136614/140‑1 (MQ=255) | GCAAGTAAAAATGATACTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGTTGACATATATATAGCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATATAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGT > NC_000913/583366‑583635 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |