Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,192,484 | T→G | intergenic (‑262/+31) | yehD ← / ← yehE | putative fimbrial protein YehD/DUF2574 domain‑containing protein YehE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,192,484 | 0 | T | G | 98.7% | 312.1 / ‑4.6 | 79 | intergenic (‑262/+31) | yehD/yehE | putative fimbrial protein YehD/DUF2574 domain‑containing protein YehE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (47/31); total (47/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.88e-01 |
GCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACGGGCGAAGAAAACAGATGACGGGTGTCA > NC_000913/2192353‑2192620 | gCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATg > 1:750858/1‑140 (MQ=255) gCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATg < 2:447120/140‑1 (MQ=255) gCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATg > 1:115946/1‑140 (MQ=255) taAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATGCAATTa > 2:1210015/1‑140 (MQ=255) 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tAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTacac > 1:14349/1‑140 (MQ=255) tAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTacac > 1:383964/1‑140 (MQ=255) tAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTacac > 1:1019810/1‑140 (MQ=255) aaaaGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCtt > 2:451388/1‑140 (MQ=255) cGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACgg < 1:980284/140‑1 (MQ=255) gAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTGTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACggg > 1:1131337/1‑140 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GCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACGGGCGAAGAAAACAGATGACGGGTGTCA > NC_000913/2192353‑2192620 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |