| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 36.5% | 77.8 / 35.8 | 52 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/4); new base A (0/19); total (29/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATA > NC_000913/29366‑29634 | tttGGTCCTTTTTTTTCTGCTCTTTTTTATTTCATGCATTTTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCAAAAACAGG‑TTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCTTAAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATATAAAAAATcc < 2:126509/140‑1 (MQ=255) cTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTaa > 1:985432/1‑140 (MQ=255) tCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCAACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGAc > 2:1322605/1‑140 (MQ=255) gCTCTTTTTTATTTCATGCATTTTTCTTGCTGCGCAAGTTTTTTCAAGAACAGG‑TTAGATGATTTTTTTGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACttt < 2:985432/140‑1 (MQ=255) tctttttttttTCTTGAATTCTTCTTGCTGCGCAACCTTTTTCAAGAAAAGT‑TAGGATGTTTTTTTTGTCCTTTATGGCTTGTAAACCATGCATGCGCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:407265/137‑1 (MQ=255) tCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa > 2:826865/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa > 1:407265/1‑140 (MQ=255) tttttATTTAATCCATTTTTCTTGCTGCGAAAGCTTTTCCAAGAACAGG‑TAAGATGATTTTTTTGTCGTTTAAGGCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgcg < 2:871568/140‑1 (MQ=255) ttttCATGAAACCTTTTTGCGGCG‑AAGGCTTTTCCAAAAAAGGTTTAGATTTTTTTTTTTTCTCTAAATCCCTGAAAACCAGGAATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat < 2:1452493/139‑1 (MQ=255) ttttCATACAATCTTCTTGCTGCGAAAGCTTTTTCAAAAACAGT‑TTAGATTATTTTTTTGTCGTTTAATCCCTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat < 2:58665/139‑1 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:1452493/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:886210/1‑140 (MQ=255) ggg‑TAAGATTATTTTTTTGTCGTTTAATGCCTAAAAAACATGAATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAg < 2:886210/139‑1 (MQ=255) gg‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc > 2:370543/1‑140 (MQ=255) g‑TTAGATTATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 1:155023/1‑140 (MQ=255) g‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 2:173801/1‑140 (MQ=255) g‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 2:655532/1‑140 (MQ=255) g‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCG‑CCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAg > 2:50877/1‑140 (MQ=255) tttttttttGTCTTTTAATGCGTAAAAAACTGGAAGGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGc < 2:674838/136‑1 (MQ=255) tttttttttGTCGTTAAATCCTTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGc < 2:155023/136‑1 (MQ=255) ttttttttGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 1:830462/137‑1 (MQ=255) ttttttttGTCGCTTAATGCCTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 2:445939/137‑1 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 2:119384/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:445939/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:616619/1‑140 (MQ=255) ttGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAtt < 1:1127068/140‑1 (MQ=255) tGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAttt > 1:455128/1‑140 (MQ=255) cTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc > 1:159909/1‑140 (MQ=255) tAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtcat < 1:655532/140‑1 (MQ=255) aTGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtcatca < 1:370543/140‑1 (MQ=255) cctttaaaaaCAGGCAGGAACAAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCAtt < 2:616619/134‑1 (MQ=255) tAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa > 1:904018/1‑140 (MQ=255) tAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa > 2:489766/1‑140 (MQ=255) tAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa > 2:306139/1‑140 (MQ=255) aaCTTGAATGAACAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTa < 1:1322605/140‑1 (MQ=255) gtgtgtgACCCAAAAAAAAATAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 2:1600156/135‑1 (MQ=255) atgcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata > 1:438208/1‑140 (MQ=255) atgcatgAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 1:52542/140‑1 (MQ=255) atgcatgAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 1:278312/140‑1 (MQ=255) gcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg > 2:1029591/1‑140 (MQ=255) gcatgAGCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg < 2:438208/140‑1 (MQ=255) gcatgACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg < 1:942600/140‑1 (MQ=255) ttgAACCAAAAAAAAATAAAAAAATCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCa < 2:455128/139‑1 (MQ=255) atgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata > 2:390357/1‑136 (MQ=255) atgAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 1:390357/136‑1 (MQ=255) ccACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata > 2:985377/1‑131 (MQ=255) ccACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 1:985377/131‑1 (MQ=255) ccACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATaa > 1:531918/1‑140 (MQ=255) caaaaaaaTAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATaa < 1:826865/136‑1 (MQ=255) caAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagt > 2:335741/1‑140 (MQ=255) caAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagt > 1:216762/1‑140 (MQ=255) caAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagt > 1:678541/1‑140 (MQ=255) aaaaaTAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagt < 2:1444758/139‑1 (MQ=255) aaaaTAATATAAAAAATGCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg < 1:174584/140‑1 (MQ=255) aaaaTAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg > 2:292177/1‑140 (MQ=255) aaaaTAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg < 2:305423/140‑1 (MQ=255) aaaaTAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg < 1:173801/140‑1 (MQ=255) ataaaaAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtgagt < 2:531918/140‑1 (MQ=255) aataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga < 1:292177/140‑1 (MQ=255) aataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga > 2:361445/1‑140 (MQ=255) aataAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga < 1:1083723/140‑1 (MQ=255) atatAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGaa > 1:302779/1‑140 (MQ=255) tataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATC‑CCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAata > 2:382102/1‑140 (MQ=255) ataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAata < 1:119384/140‑1 (MQ=255) | TTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATA > NC_000913/29366‑29634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |