| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 29.0% | 164.4 / 32.2 | 62 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/1); new base T (0/18); total (43/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111621‑4111885 | aTTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCccgccg > 1:585906/1‑140 (MQ=255) aCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTtagta > 2:1457400/1‑140 (MQ=255) ccTACAAGCAATTCAGATCGCCCCAGCTTAATCGGTCCAACAGCGAAGGCCCCCCCTTTTC‑CCCCGTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTTAAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTtagtag < 2:1068317/140‑1 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:1113670/1‑140 (MQ=255) aaGCTATTAAGATCCCCCCAGCTTAATCGTTCCAACGGCGAAGGTCCCCCCTTTTT‑CGCCGTTGCCCGCGACACAATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGTTGTAATAAGTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGAcc < 2:585906/140‑2 (MQ=255) taTTCAGATAGCCCCAGCTTAATCGGTCAAACAGCGAAGGTCCCCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCGAAAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAg < 2:1152669/139‑1 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:983515/1‑140 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 2:239260/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgg > 1:1815063/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:742997/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:607029/1‑140 (MQ=255) aaTCGGTCCATCAGCGAAGGTCACCCCTTTTT‑CGCCTTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATAATGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 2:1332563/140‑1 (MQ=255) aTCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGtttt > 1:344519/1‑140 (MQ=255) gtttaaaCAGCGAGGGTCCCCCCTTTTC‑CGCCGTTGTCCGCAACAAAATACCGCGGTGCCCTTTCTGTCTCGGTTTAATAATTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:1708890/135‑1 (MQ=255) gttccAACAGGGAAGGTCCGCCCTTTTG‑CGCGGTTGCCCGCGACAACAAACCGCAGTCCCCTTTCTTTCTGGGTGTAATAATTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:983515/136‑1 (MQ=255) ggtcaaaCAGCGAGGGCCGCCCCTTTTT‑CGCCGTTCTCCGAAAAAACTTAAGCCCGTGCTCCTTCGGTGTCGGTTTAATATCGTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:1783610/135‑1 (MQ=255) ggTTAAACAGCGAGGGCCCCCCCCTTTC‑CGCCTTTGCCCGCAACAACATACCGCAGTGCACTTTCTGTCTGGTTTTAATAATTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:195788/140‑1 (MQ=255) gctacAACAGGAAAGCCCACCCCTTTTC‑CGCCGTTGTCCGCGAAAACATACCGCGGTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:32607/136‑1 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGtttctgtctc > 1:1574326/1‑133 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAt > 1:195788/1‑140 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAt > 1:554144/1‑140 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAt > 1:990655/1‑140 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAt > 2:346768/1‑140 (MQ=255) cAACGGGGAGGGCCACCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAGCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTATAATAGTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt < 2:344519/140‑1 (MQ=255) aaaCAGCGAGGCTCACCCCTTTTC‑CGCGGTTCCCCGCGACAAAAAACCGAAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTATATTACTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt < 2:1797925/139‑1 (MQ=255) aCAGGGAGGGTCACCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCAACAATATAACGCAGTGCCCCTTTTTTCTCTGTTTAATATGTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTaa < 2:1644149/140‑1 (MQ=255) cGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑ggg > 1:1158602/1‑140 (MQ=255) cGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑ggg > 1:1676456/1‑140 (MQ=255) cGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑ggg > 1:350199/1‑140 (MQ=255) ggtgTCAGCCTCTTTT‑CGCCGTAGGCCGCGAGCACAAACCTCAGTCCACTTTCTGTCTGGGTGAAATATCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGt < 2:1863071/137‑1 (MQ=255) aaGGTCCCCCCCTTTT‑CGCTGTTGTCCGCGACAACAAACCGCAGTGCCCCTTGTGTCTGGGTGTAATATTGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGt < 2:939466/140‑1 (MQ=255) aaGGTCCCCCCCTTTC‑CGCCTTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGTTTTAATAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGt < 2:634494/140‑1 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGt > 1:939466/1‑140 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGt > 2:1245218/1‑140 (MQ=255) aaGGTCACCCCTTTTC‑CCCCGTTGTCCGCAAAAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGGTTTAATAATTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGt < 2:742997/140‑1 (MQ=255) gtggccaccccTTTTCCCCCGTTGCCCGCAACAAAATACCGCGGTGCTCCTTCTGTCTCGGTGTAATACTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGt < 2:1676456/133‑1 (MQ=255) gTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAg > 1:1797925/1‑140 (MQ=255) ccccTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGc > 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ccGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTGATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGc > 2:1707188/1‑140 (MQ=255) ccGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGc > 1:1388020/1‑140 (MQ=255) ctttGCCCGCAACAACATAACGCGGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATATTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCt < 2:607029/138‑1 (MQ=255) ccGAGAAAACATAACGCGGTGCCCTTTCGGTCTCGTTTTAAAAATTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCTACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATg < 2:1049315/140‑1 (MQ=255) gACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTAtt > 2:1165348/1‑140 (MQ=255) aaaacaTAACGCAGTCCCCTTTCTGTCTGGGTTTAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTc < 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tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:532358/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:428544/1‑140 (MQ=255) gCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgcttt > 2:814799/1‑140 (MQ=255) gCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgcttt > 1:507658/1‑140 (MQ=255) cctttctttctCGGTGTAATAATTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGctttcgctttcg < 1:1457400/137‑1 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg > 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tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 2:612094/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 2:222423/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGG‑CCCTGGAt > 2:818524/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 2:1171596/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 2:298654/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 2:962756/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 1:855919/1‑140 (MQ=255) | ATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAT‑‑GGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111621‑4111885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |