| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,946,183 | C→T | intergenic (‑3/‑68) | yobI ← / → yebB | uncharacterized protein YobI/putative papain‑like amidase YebB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,946,183 | 0 | C | T | 99.1% | 397.6 / ‑4.3 | 115 | intergenic (‑3/‑68) | yobI/yebB | uncharacterized protein YobI/putative papain‑like amidase YebB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (53/61); total (54/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AAGGATGAAGAAAACTTGCGAGGTGTCTCGATGAACTGAAAAATGGCACAGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGC > NC_000913/1946046‑1946315 | gATGAAGAAAACTTGCGAGGTGTCTCGATGAACTGAAAAATGGCACAGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGTGcctc > 2:264809/1‑140 (MQ=255) ttGCGAGGTGTCTCGATGAACTGAAAAATGGCACAGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGTGCCTCCTGAAAaaataa < 1:370992/140‑1 (MQ=255) gCGAGGTGTCTCGATGAACTGAAAAATGGCACAGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGTGCCTCCTGAAAaaataaat > 2:823668/1‑140 (MQ=255) tgtCTCGATGAACTGAAAAATGGCACAGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGTGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTa < 1:1083173/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |