Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 3,632,338 | 0 | G | A | 44.5% | 90.3 / 215.0 | 164 | H85Y (CAT→TAT) | yhiJ | DUF4049 domain‑containing protein YhiJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/47); new base A (40/33); total (84/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CTGCACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCAATACTTGATATATCATCACCTATACC > NC_000913/3632202‑3632473 | cTGCACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATc < 1:182835/140‑1 (MQ=255) cTGCACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATAATc < 1:834960/140‑1 (MQ=255) tGCACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATcc > 2:127969/1‑140 (MQ=255) gCACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCg > 2:243370/1‑140 (MQ=255) cACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATc < 1:1036181/137‑1 (MQ=255) cACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGt < 2:1319731/140‑1 (MQ=255) cACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGt > 2:124544/1‑140 (MQ=255) cACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATAATCCGt > 2:293606/1‑140 (MQ=255) cACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATAATCCGt < 2:1150753/140‑1 (MQ=255) aaTTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGt < 1:1623/140‑1 (MQ=255) aTTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGTa > 1:162482/1‑140 (MQ=255) tCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTaaa < 2:162482/140‑1 (MQ=255) cGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAAt > 1:265726/1‑140 (MQ=255) tattatCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGaa < 2:1342535/140‑1 (MQ=255) tattatCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGGAAATGaa > 1:748473/1‑140 (MQ=255) cAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTg < 1:843222/140‑1 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tataTTTTTCTGAATAATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCAATACTTGATATatca > 2:79573/1‑140 (MQ=255) tataTTTTTCTGAATAATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCAATACTTGATATatca < 1:79573/140‑1 (MQ=255) atatTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCAATACTTGATATatcat < 2:1141411/140‑1 (MQ=255) tatTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCaa > 1:546459/1‑124 (MQ=255) tatTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCaa < 2:546459/124‑1 (MQ=255) ttttCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCAATACTTGATATATCATCAcc > 2:1122525/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCAATACTTGATATATCATCACCTATAcc < 1:1172719/140‑1 (MQ=255) | CTGCACCAATTAATATCGGTATTATCAAGAGAGCAACCGTAATTTTTGCTATTAATTGTCACAATAAACTGATAATTATTATTCCTACGTAGAATATGAGCACGCATGCCCGATAGCATACTATATTTTTCTGAATGATCCGTTTGTATGGTAAATGAAATTTTGTCATCTTGAATAGATTGTTGGAACCGTTCTATTTGCCAATCATCTATTTTTTCCACAACCTCACCGAGCATTGTCCTGGCAATACTTGATATATCATCACCTATACC > NC_000913/3632202‑3632473 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |