| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,313,928 | IS2 (–) +5 bp | coding (441‑445/2673 nt) | rcsD → | RcsD phosphotransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2068941 = | NA (NA) | 68 (1.220) | 51/276 | 0.1 | 100% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2313932 | 0 (0.000) | coding (445/2673 nt) | rcsD | RcsD phosphotransferase | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 2070271 | NA (NA) | 49 (0.890) | 39/272 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 2313928 = | 0 (0.000) | coding (441/2673 nt) | rcsD | RcsD phosphotransferase | |||||
TCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2070131‑2070271‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taCCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAA > NC_000913/2313928‑2314059 TCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTAGAGATTCAGGGGGCCAGTCT > 2:292757/1‑140 GTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAATACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCT < 2:337223/140‑1 TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTG > 2:126681/1‑140 TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTG > 1:75063/1‑140 GTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGA < 2:252810/140‑1 TGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAA > 1:567515/1‑140 TACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGG > 1:401781/1‑140 ACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGT < 1:327527/140‑1 ACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGT < 2:570036/140‑1 ACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGT < 1:45917/140‑1 CGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTC > 2:584171/1‑140 CGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGG > 1:237296/1‑140 TCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGAT > 2:151904/1‑140 TGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAA < 2:75063/140‑1 TTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTC < 2:275234/140‑1 TCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGG > 1:805275/1‑140 CGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTG < 1:371469/140‑1 CGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTG < 1:126681/140‑1 GCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCT < 1:478138/140‑1 AAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCT < 1:771888/140‑1 AAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCT < 2:801499/140‑1 AAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCT < 1:151904/140‑1 TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCC > 1:612701/1‑140 TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACC < 1:537427/139‑1 TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACC > 2:537427/1‑139 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCT < 2:237296/140‑1 AATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTA < 2:874616/140‑1 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTAC > 1:662178/1‑140 ATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCC < 2:612701/140‑1 TCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCT > 2:557356/1‑140 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTA > 1:531129/1‑140 CTAGTCTAAACACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTC < 2:662178/140‑1 AGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCG > 2:508681/1‑140 TCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGA > 2:18173/1‑140 TCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGA > 1:29470/1‑140 AAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTA < 1:18173/140‑1 AGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAAT > 1:917683/1‑140 TATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCG > 1:57000/1‑140 TCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGA < 1:584171/140‑1 TCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGA < 2:805275/140‑1 CACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGAC > 1:233202/1‑140 atcTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTC > 2:300837/4‑129 atcTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTC < 1:300837/126‑1 ATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGT > 1:192160/1‑140 TGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCA < 2:567515/140‑1 ATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACG > 1:132903/1‑140 GTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGC > 2:489393/1‑140 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGA > 1:793974/1‑140 TCAGGGGGCCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAA < 2:57000/140‑1 CCAGTCTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAA > 2:545736/1‑140 TCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2070131‑2070271‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taCCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAA > NC_000913/2313928‑2314059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |