| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,294,195 | A→G | intergenic (+56/‑286) | nrfG → / → gltP | putative formate‑dependent nitrite reductase complex subunit NrfG/glutamate/aspartate : H(+) symporter GltP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,294,195 | 0 | A | G | 96.5% | 215.6 / ‑2.7 | 58 | intergenic (+56/‑286) | nrfG/gltP | putative formate‑dependent nitrite reductase complex subunit NrfG/glutamate/aspartate : H(+) symporter GltP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (28/28); total (29/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAACTCACCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACATATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGCTCTG > NC_000913/4294061‑4294325 | cAACTCACCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGc < 1:318095/140‑1 (MQ=255) aCCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCaaaaa > 1:709834/1‑140 (MQ=255) aCCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCaaaaa > 1:325690/1‑140 (MQ=255) gTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCAc < 2:397460/140‑1 (MQ=255) ttAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACt < 1:177457/140‑1 (MQ=255) tAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTa < 2:579154/140‑1 (MQ=255) ccGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAaataat < 2:520851/132‑1 (MQ=255) ccGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAaataat > 1:520851/1‑132 (MQ=255) ccGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATc < 1:726023/140‑1 (MQ=255) cacaGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGtat > 2:387825/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACaaa > 1:822148/1‑140 (MQ=255) cGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCt > 1:561457/1‑140 (MQ=255) cGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCt > 1:568165/1‑140 (MQ=255) gAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATTACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCtt > 1:889865/1‑140 (MQ=255) aTTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTcc < 2:539591/140‑1 (MQ=255) gttgCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATa < 2:147247/140‑1 (MQ=255) gCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACa < 1:430632/140‑1 (MQ=255) agaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGtt < 2:144194/140‑1 (MQ=255) agaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGtt > 1:468951/1‑140 (MQ=255) gaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATTACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTa < 2:889865/140‑1 (MQ=255) gaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTa < 2:482612/140‑1 (MQ=255) gaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTa < 2:291201/140‑1 (MQ=255) atcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATc < 1:573523/140‑1 (MQ=255) atcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATc > 1:78694/1‑140 (MQ=255) tcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCa > 1:413201/1‑133 (MQ=255) tcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCa < 2:413201/133‑1 (MQ=255) tcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATcc > 1:2502/1‑140 (MQ=255) tcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATcc < 1:884089/140‑1 (MQ=255) cTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGcc > 2:66757/1‑140 (MQ=255) cTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGcc > 2:518637/1‑140 (MQ=255) gTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACATATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATa < 1:261965/140‑1 (MQ=255) gaAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTc < 1:822095/140‑1 (MQ=255) aaGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTcg < 2:853680/140‑1 (MQ=255) aTTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGt < 2:468951/140‑1 (MQ=255) tATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGtta < 2:568165/140‑1 (MQ=255) tATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGtta > 1:854820/1‑140 (MQ=255) gTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGttatta < 2:325690/140‑1 (MQ=255) ttGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCa > 1:372121/1‑140 (MQ=255) ttGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCa > 1:288736/1‑140 (MQ=255) ttGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCa > 2:271795/1‑140 (MQ=255) tGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCAt > 2:553100/1‑140 (MQ=255) aGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTa < 2:372121/140‑1 (MQ=255) aGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTa > 1:474276/1‑140 (MQ=255) aGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTa > 2:723182/1‑140 (MQ=255) cTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAAt > 2:626989/1‑140 (MQ=255) tAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGc > 1:483665/1‑140 (MQ=255) aaaTAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGaaa < 1:553100/140‑1 (MQ=255) aatCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAGAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGct < 2:709834/140‑1 (MQ=255) aatCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGct < 1:387825/140‑1 (MQ=255) tCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGctct < 2:718975/140‑1 (MQ=255) tCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGctct < 1:723182/140‑1 (MQ=255) cGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGCTCtg < 2:483665/140‑1 (MQ=255) | CAACTCACCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACATATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGCTCTG > NC_000913/4294061‑4294325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |