| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 22.6% | 153.9 / 19.0 | 53 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/8); new base T (0/12); total (33/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGG > NC_000913/4111608‑4111882 | ctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttg < 2:1344810/140‑1 (MQ=255) ttttATTCAACCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAGCCGGTTAAACAGCGAGGGCCACCC‑CTTTTC‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCGTTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAA‑AACCTTTTTTTTTccccc < 2:1336931/139‑2 (MQ=255) tttATTCAACCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGTTTAATCGGTCCAACAGCGAAGGCCCCCC‑CCTTTC‑CGCCGTTGCCCGCGAAAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTGAAATACCGTTTTTTTTCCCccg < 2:1306499/140‑1 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCgct > 1:1465298/1‑138 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 1:1485191/1‑140 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:645126/1‑140 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:383647/1‑140 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 2:813337/1‑140 (MQ=255) cAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAgctgt > 1:610245/1‑136 (MQ=255) aaTAGCCCCAGCTTAATCGGTTAAACAGCGAAGGCCACCC‑CTTTTT‑CGCCGTTGCCCGCAACAAAATACCGCAGTGCCCTTTCTGTCTGGGTGTAATAATTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtttttt < 2:111235/139‑1 (MQ=255) atcgcgcCAGCTTAATCGGTTCACCAGAGAAGGTCACCC‑CCTTTC‑CGCCTTCGCCCGAAACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATATCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTc < 2:794102/137‑1 (MQ=255) aTAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTc > 1:1791037/1‑140 (MQ=255) tacccccAGTTTAATCGGTTCACCAG‑GGAGGTCCTCCTCCTTTT‑CGCCTTTGCCCCCAAAACCACAACGCAGTCCCTCTTCTGTCGGGGTTAAATACTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCt < 2:797344/135‑1 (MQ=255) cgcgcCAGTTTAATCGGTCCAACAGGGAAGGTCCCCC‑CTTTTT‑CGCCGTTGCCCGCAACAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTg < 2:645183/139‑1 (MQ=255) gcgcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgg > 1:1360235/1‑140 (MQ=255) cgcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGc > 1:111235/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:82503/1‑140 (MQ=255) aCAGCGAGGGTCACCC‑CTTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGAAAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAATTTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTaa < 2:1215429/140‑1 (MQ=255) gCGAAGCTCACCC‑CTTTTC‑CGCCTTTGCCCGCGACAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATATTTTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgg < 2:10007/140‑1 (MQ=255) ggagggccAGCC‑CTTTTC‑GGCCGTTGTCCGTAACAAAAAACCGCAGTCCCCTTTCTGTCTGGGTTTAATAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATggg < 2:749923/133‑1 (MQ=255) cGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATggg > 1:901191/1‑140 (MQ=255) agggTCACCC‑TTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCAAAAACATACCGCATTGCCCTTTCTGTCTGGTTTTAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:645126/138‑1 (MQ=255) aaGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 1:10007/1‑140 (MQ=255) aaGGCCACCC‑CTTTTC‑CGCGGTTGTCCGCAACAAAATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATACTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:532808/140‑1 (MQ=255) aaGGCCACCC‑CTTTTC‑CGCCGTTGTCCGCAACAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:1292557/140‑1 (MQ=255) aaGGCCACCC‑CCTTTC‑CGCTTTTCGCCGCGAAAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTATTACTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:901191/140‑1 (MQ=255) agggccacc‑ccTTTTCCGCGGTTGCCCGCAAAAAAAAACCGCGGTCCCCCTTCTTTCTGGGTTTAATAATTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:883264/133‑1 (MQ=255) gTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAg > 2:754443/1‑140 (MQ=255) ccaccc‑ccTTTT‑CGCCGTTTCCCGCAACAAAATAACGCAGTGCCCTTTTTTTCTGGGTTAAATAATTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAgt < 2:1480196/136‑1 (MQ=255) cTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGa > 1:1046483/1‑140 (MQ=255) ttt‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATc > 2:527794/1‑140 (MQ=255) ttt‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATc > 2:979907/1‑140 (MQ=255) ttt‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATc > 1:1172141/1‑140 (MQ=255) gCCGTGGCCCCCGACAACATAACGCGGTGCCCCTTCTGTGTGGGTGTAATACTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 2:616515/140‑1 (MQ=255) ccctttGCCCGCGACAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAGCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 1:1025125/136‑1 (MQ=255) ctgTTGCCCGCGAAAACATAACGCGGTGCCCTTTCTTTCTGGGTGTAATATCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGc < 2:1791037/138‑1 (MQ=255) tCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGcctgtct > 1:334222/1‑134 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:1250021/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:1484188/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:1658799/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCG‑CGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTcc > 2:300433/1‑126 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCG‑CGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTcc < 1:300433/126‑1 (MQ=255) cACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctttc > 2:250629/1‑140 (MQ=255) cTTCTGTCTGGTTATAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGTCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg < 2:82503/140‑1 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg < 1:329674/140‑1 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg > 2:842613/1‑140 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg > 1:462703/1‑140 (MQ=255) cTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCt > 2:1377603/1‑140 (MQ=255) ttctgGGTTTAATATTGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt < 2:1658799/139‑1 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 2:875106/1‑140 (MQ=255) gtgtAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctc < 1:59499/140‑1 (MQ=255) tgtAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct > 2:1692654/1‑140 (MQ=255) tgtAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct < 1:842613/140‑1 (MQ=255) aatacttttttttttCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGc < 2:1484188/133‑1 (MQ=255) atttttttttttCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcccc < 2:462703/136‑1 (MQ=255) cGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 1:769675/140‑1 (MQ=255) ttttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTgg < 1:1692654/139‑1 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct > 2:524534/1‑128 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct < 1:524534/128‑1 (MQ=255) | CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCC‑CCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGG > NC_000913/4111608‑4111882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |