| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,623,281 | Δ2 bp | coding (836‑837/1017 nt) | lplA ← | lipoate‑‑protein ligase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,623,280 | 0 | G | . | 95.3% | 344.8 / 12.0 | 85 | coding (838/1017 nt) | lplA | lipoate‑‑protein ligase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base . (38/43); total (40/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,623,281 | 0 | G | . | 100.0% | 353.8 / NA | 81 | coding (837/1017 nt) | lplA | lipoate‑‑protein ligase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (38/43); total (38/43) | |||||||||||
CTCTTTTTCCTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCTGGGCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTAAAGCGTTCATCCAGCAGATGCGAGAATGCCGGAGCCTGACCGAAGTTCCATTCCCAGCTACTCTGGCGGGC > NC_000913/4623143‑4623409 || ctctTTTTCCTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCTgcg < 2:936928/140‑3 (MQ=255)ctctTTTTCCTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCTgcg < 2:23099/140‑3 (MQ=255) ctTTTTCCTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCTGcgcg < 2:205471/140‑1 (MQ=255) ctTTTTCCTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCTGcgcg < 2:891040/140‑1 (MQ=255) tttttCCTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCTGcgcgg > 1:1382646/1‑139 (MQ=255) tttCCTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCTGcgcgggt > 1:1192702/1‑137 (MQ=255) ccTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGat > 2:1299383/1‑140 (MQ=255) cTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGata < 2:1457683/140‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGata < 1:923364/140‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGata < 2:1332944/140‑1 (MQ=255) ttCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATgg > 2:625388/1‑140 (MQ=255) ggAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGTGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCttt > 2:1355797/1‑140 (MQ=255) ggAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCttt > 1:1300717/1‑140 (MQ=255) ggAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCttt > 1:1363527/1‑140 (MQ=255) aaGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCttttt < 1:1214490/140‑1 (MQ=255) tCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCaa > 2:209460/1‑140 (MQ=255) aaccaacAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACg > 2:1521873/1‑140 (MQ=255) caacAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCg < 2:1404482/140‑1 (MQ=255) cAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGaaa < 2:370610/140‑1 (MQ=255) gcgcTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATg > 2:1364891/1‑140 (MQ=255) gcgcTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATg < 2:209613/140‑1 (MQ=255) gcgcTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATg > 2:1226621/1‑140 (MQ=255) gcTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCa > 1:1374203/1‑140 (MQ=255) ttCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGt > 1:321861/1‑140 (MQ=255) aCTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAc > 1:362680/1‑140 (MQ=255) cTCCTGTTGCAGCATATCTGTGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAcg < 1:1355797/140‑1 (MQ=255) cTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATTGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAcg < 2:1192702/140‑1 (MQ=255) cTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAcg < 2:495410/140‑1 (MQ=255) cTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGACTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAcg < 1:393434/140‑1 (MQ=255) tCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGaa < 2:56939/126‑1 (MQ=255) tCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGaa > 1:56939/1‑126 (MQ=255) tCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAcgc < 1:166920/140‑1 (MQ=255) tGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAcgccgc < 1:209460/140‑1 (MQ=255) tGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAcgccgc < 2:1382646/140‑1 (MQ=255) tGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCAcgccgc > 1:1079946/1‑140 (MQ=255) ttGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGccc > 1:833915/1‑140 (MQ=255) gcagcaTATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCa > 2:1560742/1‑140 (MQ=255) cagcaTATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAg > 2:668450/1‑140 (MQ=255) caTATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTa < 1:1226621/140‑1 (MQ=255) caTATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTa < 2:1004361/140‑1 (MQ=255) atatCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTaa < 2:872492/140‑1 (MQ=255) atatCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTaa > 2:1258390/1‑140 (MQ=255) tatCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTaaa > 1:958980/1‑140 (MQ=255) tCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTAAAGc > 1:1098795/1‑140 (MQ=255) tCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTAAAGc > 2:233297/1‑140 (MQ=255) tGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTAAAGCGt < 2:321861/140‑1 (MQ=255) gcgcGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTAAAGCGtt > 2:492065/1‑140 (MQ=255) cgcgGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTAAAGCGTTc > 1:781142/1‑140 (MQ=255) cgcgGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCT‑‑GCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTAAAGCGTTc > 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CTCTTTTTCCTGTTCCGGGAAGTCAACCAACAGCGCTTCGCACTCCTGTTGCAGCATATCTGCGCGGTACAGGCAGCCTTGCAGTCGTCCGGCGAGGGCTTCCAGCGGCGCGGGGTTGAGGCTGTCGGTAAACACCTGGGCGCGGGTGATATGGCCTTTTTCAACGTCGAAATGCAGTTCCACGCCGCCCCAGGTAAAGCGTTCATCCAGCAGATGCGAGAATGCCGGAGCCTGACCGAAGTTCCATTCCCAGCTACTCTGGCGGGC > NC_000913/4623143‑4623409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |