| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3652036 = | NA (NA) | 8 (0.080) | 6/276 | 6.2 | 4.3% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3766503 = | 176 (1.740) | coding (167/843 nt) | yibA | putative lyase containing HEAT‑repeat | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGAT > NC_000913/3766365‑3766642 | cAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGtt < 2:184378/140‑1 (MQ=37) tAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGAt > 1:1688494/1‑140 (MQ=38) agagTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTgg < 2:627593/140‑1 (MQ=38) gTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCaa > 2:1510297/1‑140 (MQ=39) aTGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAAtt < 2:304537/140‑1 (MQ=37) aTGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAAtt < 1:522430/140‑1 (MQ=38) aTGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAAtt < 2:1323585/140‑1 (MQ=38) aTGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAAtt < 2:638533/140‑1 (MQ=38) aTGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAAtt < 2:1080860/140‑1 (MQ=37) tGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTg > 1:991009/1‑140 (MQ=39) atataATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCt > 2:1661692/1‑140 (MQ=255) ataATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGc > 2:559961/1‑140 (MQ=40) taATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGct < 1:464912/140‑1 (MQ=255) taATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGct < 1:746059/140‑1 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 2:687344/1‑140 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 2:688207/1‑140 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 1:378258/1‑140 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 2:434956/1‑140 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 1:1238895/1‑140 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 1:978266/1‑140 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 2:1614303/1‑140 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGACGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 1:1001178/1‑140 (MQ=255) cAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGa > 1:721834/1‑140 (MQ=40) aTGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATa > 1:1461783/1‑140 (MQ=255) tGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATaa > 2:158650/1‑140 (MQ=255) gTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATaaa > 1:789255/1‑140 (MQ=255) gAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAAtt > 1:688770/1‑140 (MQ=255) aCTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATtata < 1:1297587/140‑1 (MQ=255) aCTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATtata > 2:918814/1‑140 (MQ=255) tAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATc > 2:1407695/1‑140 (MQ=255) aaTGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCg < 1:158650/140‑1 (MQ=255) tgatgaATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTagag > 1:76531/1‑140 (MQ=255) tgatgaATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTagag > 2:1534131/1‑140 (MQ=255) gatgaATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAgaga > 2:565553/1‑140 (MQ=255) atgaATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGat > 1:1280610/1‑140 (MQ=255) atgaATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGat > 1:630615/1‑140 (MQ=255) gaATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGatat < 2:1277495/140‑1 (MQ=255) aaTTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTatat > 1:125746/1‑127 (MQ=255) aaTTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTatat < 2:125746/127‑1 (MQ=255) aaTTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATc > 2:1102787/1‑140 (MQ=255) aaTTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATc < 1:1373190/140‑1 (MQ=255) ttattTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCgg < 1:447290/140‑1 (MQ=255) ttattTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCgg < 1:1614303/140‑1 (MQ=255) ttattTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCgg < 1:847247/140‑1 (MQ=255) ttattTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCgg > 1:248171/1‑140 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aaGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGa > 1:1004378/1‑140 (MQ=255) agagGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGaa < 1:1106042/140‑1 (MQ=255) agagGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGaa < 1:1464864/140‑1 (MQ=255) agagGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGaa < 1:1510297/140‑1 (MQ=255) agagGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGaa < 2:606905/140‑1 (MQ=255) agagGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGaa < 1:1680223/140‑1 (MQ=255) gagGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAAc > 1:1199299/1‑140 (MQ=255) agGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACa > 2:1366819/1‑140 (MQ=255) agGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACa > 1:414554/1‑140 (MQ=255) gTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAat > 2:997012/1‑140 (MQ=255) gTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAat > 2:251772/1‑140 (MQ=255) tGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTa > 2:989711/1‑125 (MQ=255) tGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAata > 2:928536/1‑140 (MQ=255) ggCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATg > 1:1589248/1‑140 (MQ=255) ggCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATg > 2:1470626/1‑140 (MQ=255) aaGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCa < 2:1589248/140‑1 (MQ=40) aGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCAt < 1:687344/140‑1 (MQ=40) aGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCAt < 2:1181989/140‑1 (MQ=40) aGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCAt < 2:1300145/140‑1 (MQ=40) gCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGaa > 2:340487/1‑140 (MQ=40) | CAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGAT > NC_000913/3766365‑3766642 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |