| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,685,046 | G→C | R191R (CGC→CGG) | pdeK ← | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,685,046 | 0 | G | C | 99.2% | 528.9 / ‑4.4 | 134 | R191R (CGC→CGG) | pdeK | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (70/63); total (71/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CTTCATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCGCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGAACTTA > NC_000913/3684910‑3685172 | cttcATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGa > 2:857670/1‑140 (MQ=255) cATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCa > 1:405557/1‑140 (MQ=255) cATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCa > 1:362778/1‑140 (MQ=255) aaTGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAata > 1:1466386/1‑140 (MQ=255) tGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATAtt > 1:1017197/1‑140 (MQ=255) tGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATAtt > 1:604655/1‑140 (MQ=255) tGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATAtt > 1:233205/1‑140 (MQ=255) cgcTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCg > 1:1342263/1‑140 (MQ=255) cTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCGATATTGCGTa > 1:972426/1‑140 (MQ=255) cTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTa > 1:236337/1‑140 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(MQ=255) cTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGc < 2:1479975/140‑1 (MQ=255) ccTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtc < 1:870205/140‑1 (MQ=255) ccTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtc < 2:831088/140‑1 (MQ=255) cTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtca > 1:388992/1‑140 (MQ=255) ttGGCTAGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcat > 2:314133/1‑140 (MQ=255) ggCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcatca < 1:1280849/140‑1 (MQ=255) ggCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcatca < 2:683475/140‑1 (MQ=255) ggCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcatca < 2:1565785/140‑1 (MQ=255) cTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACg < 2:388992/140‑1 (MQ=255) cTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACg < 1:1150195/140‑1 (MQ=255) cTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACg < 2:326095/140‑1 (MQ=255) gggATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcatca > 2:1079203/1‑136 (MQ=255) gggATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGaa > 1:603326/1‑140 (MQ=255) ggATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGAAc < 2:1215650/140‑1 (MQ=255) aTGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGAACtt > 1:1272419/1‑140 (MQ=255) | CTTCATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCGCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGAACTTA > NC_000913/3684910‑3685172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |