| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,464,080 | T→C | intergenic (+10/+172) | yfdF → / ← mlaA | protein YfdF/intermembrane phospholipid transport system ‑ outer membrane lipoprotein MlaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,464,080 | 0 | T | C | 97.5% | 305.4 / ‑2.3 | 80 | intergenic (+10/+172) | yfdF/mlaA | protein YfdF/intermembrane phospholipid transport system ‑ outer membrane lipoprotein MlaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (35/43); total (36/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
AAAATATATAAGCATTTTAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTTCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAA > NC_000913/2463945‑2464213 | aaaaTATATAAGCATTTTAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAg > 2:1037642/1‑140 (MQ=255) aaTATATAAGCATTTTAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGtt > 1:442279/1‑140 (MQ=255) tataAGCATTTTAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGtttttt < 1:772406/140‑1 (MQ=255) tataAGCATTTTAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGtttttt < 2:726510/140‑1 (MQ=255) taAGCATTTTAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGa > 1:466441/1‑140 (MQ=255) taAGCATTTTAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGa > 1:206751/1‑140 (MQ=255) aaGCATTTTAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGAt < 2:442279/140‑1 (MQ=255) ttttAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTc < 2:99035/140‑1 (MQ=255) ttttAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTc > 1:629960/1‑140 (MQ=255) ttttAAGGATCTCGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTc > 1:569782/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tctcGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGa > 2:66096/1‑140 (MQ=255) tcGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGAt < 1:20323/124‑1 (MQ=255) tcGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGAt > 2:20323/1‑124 (MQ=255) tcGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAat > 2:34290/1‑140 (MQ=255) tcGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAat > 1:1442542/1‑140 (MQ=255) tcGAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAat > 1:881981/1‑140 (MQ=255) gAAGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAatat < 2:770142/140‑1 (MQ=255) aaGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATc > 2:28649/1‑140 (MQ=255) aGGTAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATAT‑‑AAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGa > 1:835574/1‑140 (MQ=255) tAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTTCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGaa > 1:1388355/1‑140 (MQ=255) tAAAATTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGaa > 1:677146/1‑140 (MQ=255) aaaTTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGaa < 1:586821/138‑1 (MQ=255) aaaTTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGaa > 2:586821/1‑138 (MQ=255) aaTTGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATa < 1:1198140/140‑1 (MQ=255) ttGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGt < 2:1099451/140‑1 (MQ=255) ttGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGt > 1:134641/1‑140 (MQ=255) ttGAAGAAAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGt < 1:1474879/140‑1 (MQ=255) gaaAGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTg < 2:881981/140‑1 (MQ=255) aGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACg < 2:569782/140‑1 (MQ=255) aGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACg > 2:1289263/1‑140 (MQ=255) aGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACg < 2:1053618/140‑1 (MQ=255) aGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACg > 1:94588/1‑140 (MQ=255) aGGCTTCAAAATCGCCAGGCTGAATATCAAAATGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACg < 1:1037642/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaTGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTc < 2:94588/140‑1 (MQ=255) tGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAgg > 2:38142/1‑140 (MQ=255) tGAAATTAATCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAgg > 2:1291306/1‑140 (MQ=255) aaTCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGt < 2:1442542/140‑1 (MQ=255) aTCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTc > 2:582637/1‑140 (MQ=255) aTCAACCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTc > 1:133490/1‑140 (MQ=255) aaCCATCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTTCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGt < 2:1388355/140‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTAt > 1:685490/1‑140 (MQ=255) aTCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTAt < 1:1256169/140‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTAt < 2:835574/140‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTAt < 1:582637/140‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTAt < 1:1291306/140‑1 (MQ=255) cTGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTAtct < 1:901646/140‑1 (MQ=255) tGCGCCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTA‑TTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTcc > 2:197893/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTcc > 1:196392/1‑140 (MQ=255) cgcCAGGTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCt < 1:905588/140‑1 (MQ=255) ggTGTTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTAc > 1:838627/1‑140 (MQ=255) gtgtTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACt > 1:1068026/1‑140 (MQ=255) gtgtTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACt < 1:813564/140‑1 (MQ=255) gtTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTtg < 1:34290/140‑1 (MQ=255) gtTAATTTTGATGATATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTtg < 2:1068026/140‑1 (MQ=255) tgatgaTATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAAtt > 1:1382951/1‑140 (MQ=255) gatgatATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTg < 2:1399087/140‑1 (MQ=255) atgatATTTAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGa < 1:1209386/140‑1 (MQ=255) tttAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATa > 2:712560/1‑140 (MQ=255) tAAAATTATTTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATaac < 2:917862/140‑1 (MQ=255) tattTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGCATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACaaa > 1:960349/1‑140 (MQ=255) attTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGa > 2:1231761/1‑125 (MQ=255) attTTCCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGa < 1:1231761/125‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |