| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,140,926 | 0 | A | C | 25.5% | 101.0 / 10.9 | 51 | G229G (GGT→GGG) | asmA | putative assembly protein AsmA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/2); new base C (0/13); total (36/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTGTGCTTGCCCGCTTAGCGTACTATCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAACCCGCCCGGAGAACTCAAA > NC_000913/2140793‑2141057 | ccTGTGCTTGCCCGCTTAGCGTACTATCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCa > 2:1275251/1‑134 (MQ=255)ccTGTGCTTGCCCGCTTAGCGTACTATCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCa < 1:1275251/134‑1 (MQ=255) gCTTGCCCGCTTAGCGTACTATCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTg > 1:410486/1‑140 (MQ=255) gCTTGCCCGCTTAGCGTACTATCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTg > 2:1041309/1‑140 (MQ=255) ccGCTTAGCGTACTATCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGtt > 1:873902/1‑140 (MQ=255) cTTAGCGTACTATCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAAt > 1:546435/1‑140 (MQ=255) aTCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAg > 1:15824/1‑140 (MQ=255) tCATTGGCGGTCAAACTATTTTGTTAAAATAAAAGGCTTTTATGTGCCCCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CCCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgc < 2:1429411/140‑1 (MQ=255) tttGGGGGTAAAACTAATTTGGTAAAATAAAGGGCTTTTATGTGCCCCCTGCCACTGGGCCTGGAAC‑CCCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTAAATAgccg < 2:1110080/139‑1 (MQ=255) aTTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccc > 1:883403/1‑139 (MQ=255) ttGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccgc > 1:593829/1‑140 (MQ=255) ttGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccgc > 1:858967/1‑140 (MQ=255) ttGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccgc > 1:990254/1‑140 (MQ=255) ggCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGccgccg > 1:1037029/1‑140 (MQ=255) ggCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGccgccg > 2:1268826/1‑140 (MQ=255) ggCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGccgccg > 2:1369321/1‑140 (MQ=255) ggTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTa > 1:1514396/1‑140 (MQ=255) ggTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTa > 2:1438205/1‑140 (MQ=255) aaCAAATTGGTTAAAATAAAAGGCTTTTAGGTGCCTCCTGCCACTGGGCCGGGAAA‑CCCCCCTGCCCCTGAATCCCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTAAATAGCCGCCGTTAAATCa < 2:1514396/140‑1 (MQ=255) atattttGGTTAAATGAAAGGGTTTTTTGGTCCTCCTGCCACTGGCCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTAAATCCTTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCGGTTATTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATg < 2:63533/136‑1 (MQ=255) ttAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATc > 1:63533/1‑140 (MQ=255) tAAATGAAGGGCGTTTATGTGCCCCCTGCCACTGGGCCTGGAAC‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCa < 1:1397245/140‑1 (MQ=255) aaaaTAAAGGGCTTTTGTGTGCCCCCTCCCTCGGGGCCGGAAAC‑CCCCCCTGCCCCTGAATCCCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCACCTGCCAGTTATTTTGTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCa < 2:885187/139‑1 (MQ=255) aTGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGaa > 1:1548752/1‑140 (MQ=255) gAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGc < 1:1369321/140‑1 (MQ=255) aaaaGGGTTTTATGTGCCTCCTGCCACTGGGCCTGGAAC‑CCCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGAAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGc < 2:53507/139‑1 (MQ=255) aGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAgctgtctc > 1:105491/1‑133 (MQ=255) gctttttTGTGCCCCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CCCCCCTGTCCCTGAATCCCTTGTTTTGGTAAACCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCta < 2:802293/137‑1 (MQ=255) tttATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccg < 1:1268826/140‑1 (MQ=255) tttATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccg > 1:238259/1‑140 (MQ=255) ttATGTGCCTCCTGCCACTGGGCCTGAAAC‑CCCCCCTGCCCCTAAATCCCTTGTTTTGGTAAATCGCCCCCCTGCAACTGCCATTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgt < 2:1037029/140‑1 (MQ=255) tttgtgCCCCCTGCCACGGGGCCGGAAAC‑CTCCCCTCCCCCTGAATCCCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgta < 2:773631/138‑1 (MQ=255) ttgtgCCTCCTGCCACTGGGCCTGGAAC‑CCCCCCTGCCCCTGAATCCCTTTTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTATTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgtac < 1:133410/139‑1 (MQ=255) gtgCCTCCTGCCACGGGGCCTGGAAC‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgtaccg < 2:410486/140‑1 (MQ=255) aCTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgtctgtctc > 1:278279/1‑133 (MQ=255) cTCCTGCCACGGGGCCTGGAAC‑CCCCCCTGCCCCTGAATCCCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTaa < 2:586865/140‑1 (MQ=255) tCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAg > 1:1553461/1‑140 (MQ=255) tcccACTGGGCCTGGAAC‑CCCCCCTGCCCCTGAATCCTTTTTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGa < 2:15824/138‑1 (MQ=255) tcccACTGGGCCTGGAAC‑CCCCCCTGCCCCTAAATCCCTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCACCTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGa < 1:1041309/138‑1 (MQ=255) tGCCCCTGGGCCTGAAAC‑CCCCCCTGCCCCTAAATCCTTTGTTTTGGTAAATCGGCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGa < 2:546435/140‑1 (MQ=255) cgccccggggCCTGAAAC‑CCCCCCTGCCCCTGAATCCTTTGTTTTCGTAAATCGCCCCCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGa < 2:1553461/133‑1 (MQ=255) gCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAAT‑CCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGata > 2:806008/1‑140 (MQ=255) ccccTGGGCCCGGAAATCTCCCCCGCCCCTGAATCCTTTTTTTTGGTAAATCGCCACCCTACAACTGCCAGTAAATTTGTTAAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGat < 2:1097097/137‑1 (MQ=255) ccACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGata > 1:586865/1‑140 (MQ=255) gggCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTg > 2:407597/1‑140 (MQ=255) ggAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATcg > 1:226481/1‑140 (MQ=255) cTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTg > 1:501403/1‑140 (MQ=255) tCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGa > 2:512915/1‑140 (MQ=255) ccctgcccctgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATc > 1:280228/1‑140 (MQ=255) cccctgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGAt > 2:440054/1‑140 (MQ=255) tgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAAc > 2:1480352/1‑140 (MQ=255) gAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAAcc > 1:1050347/1‑140 (MQ=255) ccTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAAcccgccc > 1:384232/1‑140 (MQ=255) cTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAAcccgcccg > 1:1264603/1‑140 (MQ=255) cTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAAcccgcccg > 2:136202/1‑140 (MQ=255) cTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAAcccgcccg < 1:806008/140‑1 (MQ=255) tGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAAcccgcccg > 2:1420799/1‑138 (MQ=255) tGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAAcccgcccg < 1:1420799/138‑1 (MQ=255) tttGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAACCCGCCCGGAGaa > 2:1512314/1‑140 (MQ=255) gTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAACCCGCCCGGAGAACTCa > 1:122187/1‑140 (MQ=255) aaaTCGGCACCCTACAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAACCCGCCCGGAGAACTCaaa < 1:1209053/140‑1 (MQ=255) | CCTGTGCTTGCCCGCTTAGCGTACTATCATTGGCGGTCAAACTAATTTGGTTAAATGAAAGGCGTTTATGTGACTCCTGCCACTGGGCCTGGAAA‑CTCCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGATCGCGCTGATCGCGATTAACCCGCCCGGAGAACTCAAA > NC_000913/2140793‑2141057 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |