| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,473,160 | Δ1 bp | pseudogene (2642/3495 nt) | ydbA → | putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,473,160 | 0 | G | . | 98.9% | 377.6 / ‑2.9 | 89 | pseudogene (2642/3495 nt) | ydbA | putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (48/40); minor base T (0/1); total (48/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTACACCAACAACGAACTGTTTACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTAGTATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATACCGAATACGACATGCTGGCATTGCGTAAAACTATCGACCTG > NC_000913/1473026‑1473293 | ttACACCAACAACGAACTGTTTACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCt > 2:281937/1‑140 (MQ=255) caacGAACTGTTTACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGc > 1:265373/1‑140 (MQ=255) caacGAACTGTTTACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGc > 1:222001/1‑140 (MQ=255) caacGAACTGTTTACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGc < 1:1262842/140‑1 (MQ=255) aaCTGTTTACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCgcgc > 1:717421/1‑140 (MQ=255) tttACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGaaa > 1:786285/1‑140 (MQ=255) tttACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGaaa < 2:750812/140‑1 (MQ=255) tttACCAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGaaa > 2:550700/1‑140 (MQ=255) cAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGc < 1:1089093/125‑1 (MQ=255) cAGCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGc > 2:1089093/1‑125 (MQ=255) gCCTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTa < 1:281937/140‑1 (MQ=255) ccTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTaa > 2:252801/1‑140 (MQ=255) ccTGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTaa > 2:363787/1‑140 (MQ=255) tGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACg > 2:149177/1‑140 (MQ=255) tGAACGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACg > 2:508325/1‑140 (MQ=255) aCGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTc < 1:252801/140‑1 (MQ=255) cGTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCt > 1:395979/1‑140 (MQ=255) gTCGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTg < 2:287491/140‑1 (MQ=255) cGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGc > 1:1008760/1‑140 (MQ=255) cGGCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGc > 2:286053/1‑140 (MQ=255) ggCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCg > 2:6024/1‑140 (MQ=255) ggCACGACTGCTGAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCg > 2:9916/1‑140 (MQ=255) gctgAACTGAACAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGtt < 2:1008760/140‑1 (MQ=255) ctgaactgaaCAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTg < 2:717421/140‑1 (MQ=255) ctgaactgaaCAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTg > 2:40407/1‑140 (MQ=255) aacAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGaaa > 2:81458/1‑140 (MQ=255) aacAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGaaa > 2:434888/1‑140 (MQ=255) aacAGTGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGaaa > 2:1054862/1‑140 (MQ=255) tGCTCTGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGa > 2:121949/1‑140 (MQ=255) ctctGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATc > 1:428248/1‑140 (MQ=255) ctctGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATc > 1:210871/1‑140 (MQ=255) ctctGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATc > 2:46942/1‑140 (MQ=255) tGAAACAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCcgc > 2:118909/1‑140 (MQ=255) aaCAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTg < 2:222001/140‑1 (MQ=255) aaCAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTg < 2:395979/140‑1 (MQ=255) aaCAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTg < 1:1183238/140‑1 (MQ=255) aaCAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTg < 1:121949/140‑1 (MQ=255) cAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGcc > 1:567218/1‑140 (MQ=255) cAGGTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGcc > 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gTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAg > 2:362620/1‑140 (MQ=255) gTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAg < 1:362620/140‑1 (MQ=255) gTCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCACGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAg < 1:40407/140‑1 (MQ=255) tCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGt < 2:684358/140‑1 (MQ=255) tCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGt < 2:171342/140‑1 (MQ=255) tCAGCGGTAGCCAGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGt < 1:286053/140‑1 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aGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAataata < 1:637395/140‑1 (MQ=255) aGGCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAataata < 1:363787/140‑1 (MQ=255) ggCGACCACGGCATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATAc < 2:1044908/140‑1 (MQ=255) gCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATAcc > 1:1093585/1‑140 (MQ=255) gCGACCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATAcc > 2:317980/1‑140 (MQ=255) aCCACGGTATTCCGCGAAGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATACCGa > 1:631158/1‑139 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aGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATACCGAATACGACATGCTGGCAtt > 2:1126363/1‑140 (MQ=255) aGCGCGCGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATACCGAATACGACATGCTGGCAtt > 2:923645/1‑140 (MQ=255) gcgcgcGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATACCGAATACGACATGCTGGCATTg < 2:1202740/140‑1 (MQ=255) gcgcgcGTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATACCGAATACGACATGCTGGCATTg < 1:550700/140‑1 (MQ=255) cgcgcgTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATACCGAATACGACATGCTGGCATTGc > 1:324240/1‑140 (MQ=255) cgcgTGTTAAGCAACCGCTTTA‑TATGCTGGCAGATGCCGCGCCGAAAGTGGGTAACGGTCTGGCGTTCAACGTTGTCGCGAAAGGCGATCCGCGTGCCGAGTTAGGTAATAATACCGAATACGACATGCTGGCATTGCGt > 1:651053/1‑140 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |