| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,801,846 | IS5 (–) +4 bp | coding (151‑154/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | 2288919 = | NA (NA) | 100 (1.480) | 44/274 | 0.3 | 100% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
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| * | ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | 78 (1.140) | 44/276 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3801846 = | 0 (0.000) | coding (154/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase | |||||
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CACTGGAGCTTATCAGTGTTAATTCTATATAACGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCA > NC_000913/3801707‑3801985 | aaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 2:1005509‑M2/140‑140 (MQ=255) aaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 2:334870‑M2/2‑1 (MQ=255) aaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:115351‑M2/2‑1 (MQ=255) aatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:710475‑M2/3‑1 (MQ=255) tctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAgg > 2:594626‑M2/136‑140 (MQ=255) ggAGCTTATCAGTGTTAATTCTATATAACGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGg < 2:1056390‑M2/140‑2 (MQ=255) gAGCTTATCAGTGTTAATTCTATATAACGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGgg > 2:821401‑M2/1‑138 (MQ=255) ttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatgtcagggacttgttcgcaccttccTTAGGACaa < 2:356107‑M2/9‑1 (MQ=255) tATCAGTGTTAATTCTATATAACGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggt > 1:76788‑M2/1‑133 (MQ=255) ttAATTCTATATAACGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataa < 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< 2:652343‑M2/23‑1 (MQ=255) tataACGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaa > 2:794474‑M2/1‑116 (MQ=255) tataACGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaa > 2:1071530‑M2/1‑116 (MQ=255) cGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattctt < 2:772425‑M2/140‑30 (MQ=255) cGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattctt < 2:24105‑M2/140‑30 (MQ=255) cGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattctt < 1:11440‑M2/140‑30 (MQ=255) 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ctGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcat > 1:556260‑M2/1‑88 (MQ=255) ctGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcat > 2:521226‑M2/1‑88 (MQ=255) tGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatt > 1:510016‑M2/1‑87 (MQ=255) tttGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcat < 2:696861‑M2/140‑61 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagtgacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGc < 1:915642‑M2/64‑1 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGc < 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tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAg < 1:927395‑M2/81‑1 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGaa < 1:917681‑M2/83‑1 (MQ=255) tatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCa > 1:223868‑M2/55‑134 (MQ=255) atggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTAt < 2:573152‑M2/87‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTAtt > 2:431733‑M2/53‑140 (MQ=255) ttATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaa > 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2:611413‑M2/1‑34 (MQ=255) tcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATtagcta > 1:918119‑M2/29‑127 (MQ=255) aaaTCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagac > 2:402786‑M2/1‑29 (MQ=255) tCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagaccgt < 2:670054‑M2/140‑115 (MQ=255) tCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagc > 2:290477‑M2/1‑26 (MQ=255) cagggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCttt < 1:571118‑M2/118‑1 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCttt < 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2:6332‑M2/1‑10 (MQ=255) gATTATTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagaccgtttcttcgccatttaag > 2:887327‑M2/1‑10 (MQ=255) ccTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATgg < 2:580658‑M2/138‑1 (MQ=255) tttAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagaccgtttcttcgccatttaaggcgtt < 2:758369‑M2/140‑136 (MQ=255) tttAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagaccgtttcttcgccatttaaggcgtt > 1:186447‑M2/1‑5 (MQ=255) tttAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagaccgtttcttcgccatttaaggcgtt > 2:947487‑M2/1‑5 (MQ=255) ttAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagaccgtttcttcgccatttaaggcgtta < 1:20155‑M2/140‑137 (MQ=255) | CACTGGAGCTTATCAGTGTTAATTCTATATAACGTGATTCTTAATTGGTTTTGCTCTGCAAGCTTTGCAATTTTTTGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCA > NC_000913/3801707‑3801985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |