| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,429,984 | 0 | T | G | 24.1% | 177.0 / 24.0 | 79 | L41V (TTG→GTG) | cycA | serine/alanine/glycine/cycloserine:H(+)symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/54); new base G (19/0); total (25/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GGTACAGGAAG‑AAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATC > NC_000913/4429845‑4430120 | ggTACAGGAAG‑AAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGgt < 1:114200/140‑1 (MQ=255)ggTACAGGAAG‑AAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGgt < 2:1137003/140‑1 (MQ=255)ggTACAGGAAG‑AAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGgt < 1:1278427/140‑1 (MQ=255)ggTACAGGAAG‑AAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGgt < 2:1743055/140‑1 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2:102321/140‑1 (MQ=255) aGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATgggg < 1:568548/140‑1 (MQ=255) aGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGGTGTTTTTGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATgggg > 1:1112369/1‑140 (MQ=255) ttATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGGTGTTTTTGGGGGCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCTTTTATATGATCATTGGTTTTTTTCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATgggggga > 2:386758/1‑138 (MQ=255) tATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAAt < 2:827370/140‑1 (MQ=255) ttGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATtg > 1:911695/1‑140 (MQ=255) tGCCATTGGCGGT‑GCCCTTGGG‑ACGGGGGTGTTTTTGGGGGCTGGCAAAAAGATTAGGCTTGGCGGGGCGTCGGACATTTTCGTTTATATGATCATTGGGTTTTTGCTCTTTTTCTGGATGCGGGCAATGGGGGGATtgt > 2:1136980/1‑139 (MQ=255) tGCCATTGGCGGT‑GCCATTTGT‑ACGGGGGTGTTTATGGGGGCTGGCAAAAAGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGGTCATTTTTGTTTATATGATCATTGGTTTTTTGCTCTTTTTCGTGGTGCGGGGAATGGGGGGAtttt > 1:827370/1‑138 (MQ=255) tGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGGTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGGATtgc > 1:1562686/1‑140 (MQ=255) gCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATtgct < 2:494715/140‑1 (MQ=255) ttGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGGTGTTTATGGGGGCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCtt > 1:46989/1‑140 (MQ=255) cGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGa < 1:781476/140‑1 (MQ=255) aCGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACaa < 1:588778/140‑1 (MQ=255) gggTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATc > 2:577613/1‑140 (MQ=255) | GGTACAGGAAG‑AAAAAAACATGGTAGATCAGGTAAAAGTCGTTGCCGATGATCAGGCTCCGGCTGAACAGTCGCTACGGCGCAATCTCACAAACCGACATATTCAGCTTATTGCCATTGGCGGT‑GCCATTGGT‑ACGGGGTTGTTTATGGGGTCTGGCAAAACGATTAGCCTTGCCGGGCCGTCGATCATTTTCGTTTATATGATCATTGGTTTTATGCTCTTTTTCGTGATGCGGGCAATGGGGGAATTGCTGCTTTCGAATCTGGAATACAAATC > NC_000913/4429845‑4430120 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |