| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,699,844 | C→T | R164C (CGT→TGT) | malX → | PTS enzyme IIBC component MalX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,699,844 | 0 | C | T | 99.1% | 379.7 / NA | 110 | R164C (CGT→TGT) | malX | PTS enzyme IIBC component MalX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (59/50); minor base G (1/0); total (60/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGG > NC_000913/1699707‑1699977 | tAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGtt < 1:904783/140‑1 (MQ=255) tAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGtt < 2:184183/140‑1 (MQ=255) aTTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATTCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCataa > 1:884448/1‑140 (MQ=255) aTTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCataa > 2:1268994/1‑140 (MQ=255) aTTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCataa > 2:592476/1‑140 (MQ=255) ttCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCataat > 2:1144135/1‑140 (MQ=255) tCTGCCAACCACGGATGCGGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCataata < 2:1890774/140‑1 (MQ=255) tCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCataata < 1:1953183/140‑1 (MQ=255) tCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCCCGGTGCGGTGATCGTCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCataata > 1:683387/1‑140 (MQ=255) aTGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGAt > 2:565229/1‑140 (MQ=255) cgcgGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATgcgc > 1:1794310/1‑140 (MQ=255) gcgGTTCTTAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCt > 2:1544110/1‑140 (MQ=255) gcgGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCt > 1:1133781/1‑140 (MQ=255) ggTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTgg < 2:902336/140‑1 (MQ=255) gTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGc > 2:211570/1‑140 (MQ=255) gTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGc > 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aaCATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTAc > 1:1148016/1‑140 (MQ=255) ccAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCt > 2:1112839/1‑140 (MQ=255) ccAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCt > 1:1633131/1‑140 (MQ=255) ccAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCt < 2:807333/140‑1 (MQ=255) ccAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCt < 2:1794310/140‑1 (MQ=255) cAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCtt < 2:1058461/140‑1 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ttCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCa > 1:1897499/1‑140 (MQ=255) tCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCaa > 2:881522/1‑140 (MQ=255) cTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAAt < 2:604954/140‑1 (MQ=255) gATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTAtct < 1:565229/140‑1 (MQ=255) aTCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTAtctc > 2:818053/1‑140 (MQ=255) aTCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTAtctc < 1:935471/140‑1 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(MQ=255) tGGATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGAtttt > 2:844219/1‑140 (MQ=255) gATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCg < 2:1066016/140‑1 (MQ=255) gATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCg > 1:1457024/1‑140 (MQ=255) gATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCg > 2:689407/1‑140 (MQ=255) gATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCg > 2:66460/1‑140 (MQ=255) gATGCTGCATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCg > 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< 2:174649/140‑1 (MQ=255) tgctgcATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGcc < 2:1148016/140‑1 (MQ=255) tgctgcATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGcc < 1:1112839/140‑1 (MQ=255) tgctgcATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGcc < 1:903098/140‑1 (MQ=255) gctgcATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCa < 2:697034/140‑1 (MQ=255) gctgcATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCa < 1:66460/140‑1 (MQ=255) gctgcATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCa < 1:881522/140‑1 (MQ=255) ctgcATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCAt < 1:1015474/140‑1 (MQ=255) tgcATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATg > 1:229120/1‑140 (MQ=255) cATGAGTGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATggg > 1:68960/1‑140 (MQ=255) | ATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGG > NC_000913/1699707‑1699977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |