Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 28.1% | 110.2 / 21.5 | 57 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/4); new base C (0/16); total (37/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.37e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGC > NC_000913/2001779‑2002057 | agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGaaaaaaa > 2:178477/1‑140 (MQ=255) gtaaaTCCACAATAAACGGCCCTGCGTTATAGGATTTATCGGAATGATTATCCTTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGTTAACAGTTAAATC‑CCAGCCA‑AAAAAAA‑cc < 2:1079889/137‑1 (MQ=255) tGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑cc > 1:1468748/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCccg > 1:971243/1‑140 (MQ=255) ccTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGc > 1:445738/1‑140 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCa > 2:317115/1‑140 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc > 1:1285438/1‑140 (MQ=255) cGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGGAGCACGt > 1:1291524/1‑140 (MQ=255) tatGATTTATGGGGATGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGGTTTTTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTg < 2:968154/140‑1 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 2:825613/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:364166/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGCAGCACGTTGCTGAcctgtct > 1:1529567/1‑134 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:764245/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:8616/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:841242/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:1389377/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:832466/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGGGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 2:1629876/1‑140 (MQ=255) aTGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt > 2:967045/1‑140 (MQ=255) cagaTCCTTTTTGGCAGGTTTTTAAATGGGACGTTTGGTGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTG‑GGGGGTTACAGGAAAATT‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATg < 2:1085915/137‑1 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTG‑‑GGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc > 2:1162264/1‑140 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 1:1010861/1‑140 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 2:1589999/1‑140 (MQ=255) cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcctg > 1:1085915/1‑137 (MQ=255) ggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa > 2:1066041/1‑140 (MQ=255) gTTTTTAATCGGGAGATTAAGTGGTGAAAGTGGGGGTTTTTT‑GGGGGTTTAAAGTAAATTCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa < 2:1291524/140‑1 (MQ=255) 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1:969542/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:1228984/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:1314039/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:1222374/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:537544/1‑140 (MQ=255) gATTGGGGGGTAAAAGGGGGGTTTATTG‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc < 2:442308/140‑1 (MQ=37) 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1:1228984/140‑1 (MQ=255) ttATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCaa > 1:1542827/1‑140 (MQ=255) aTTT‑GGGGGTTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATa > 2:1149873/1‑140 (MQ=255) ggggggTTACAGGTAAATC‑CCAGGAAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAt < 1:178477/139‑1 (MQ=255) ggggggTTACAGGTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAt < 2:971243/139‑1 (MQ=255) gggggTTAGAGG‑AAATT‑CCCGGAAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAGATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt < 2:969542/140‑1 (MQ=25) 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2:436296/139‑1 (MQ=37) aaGGTAAATT‑CCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 1:1066041/139‑1 (MQ=255) aaaTT‑CCAGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 2:445738/140‑1 (MQ=255) aaaTT‑CCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 1:1619201/140‑1 (MQ=255) aaTT‑CCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTG‑‑GGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAg < 1:1162264/140‑1 (MQ=255) aGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATa > 2:1679157/1‑140 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |