Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,628,625 | 0 | A | C | 24.0% | 96.6 / 17.5 | 50 | V105G (GTC→GGC) | pdeF | cyclic di‑GMP phosphodiesterase PdeF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/2); new base C (0/12); total (36/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCTCGCCAGTAATCCTACAAATGCAGCAAACTGGAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCAATGCCGCCCAGCTGAA > NC_000913/2628486‑2628761 | gCTCGCCAGTAATCCTACAAATGCAGCAAACTGGAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGa < 1:830682/140‑1 (MQ=255) tAATCCTAAAAATGCAGAAAACTGAAAAAGTATAAAAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAAAATATACGCGGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTAAAACGTTTTTCCGCGGGGGAGAAAAGCCCCTGTAAc < 2:891650/140‑1 (MQ=255) aaaTCCTACAAATGCAGCAAACTGAAAAAGTATCAAAAACAGCGTTGCAGAAAACACAATCTGCCAGAATATCCGCGGGGAAATTAAACGGGT‑ACCCCCATGTGAAACGTTGTTCCGCCGGGGAGTAAAGCCCCTGTAAc < 2:1326481/139‑1 (MQ=255) ccaaCAAATGCAGCAAACTGGAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGAAAACACAATCTGCCAGATTTTCCGCTGGGAAATTAAAGGGTT‑ACCCCCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGAAAAGCCCTTGTAACCGcc < 2:568214/137‑1 (MQ=255) aCAAATGCAGCAAACTGGAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCa > 2:1228049/1‑140 (MQ=255) aCAAATGCAGCAAACTGGAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCa > 2:776332/1‑140 (MQ=255) aCAAATGCAGCAAACTGGAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCa > 1:103162/1‑140 (MQ=255) cAAATGCAGCAAACTGGAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCaa > 1:977519/1‑140 (MQ=255) gtgaaaaaGTACCAAAACAAGCTTTGGAGAAAACACAACCTGCAAGAATATCCGCTGGAAAATAAAAGGGTT‑ATCACCATGTAAACGGTTTTGCCGCCGGGGAGAAAAGCCCTGGTAACCGCCCCAACAGAGaatgataa < 2:1034010/136‑1 (MQ=255) ggaaaaaGTATAAGAAACAGCGTTGCAGAAAACACAATCTGCAAGAATATCCGCGGGGAAATTAAACGGGT‑ACCCCCATGTGAAACGTTGTTACGCGGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGaatgataat < 2:174336/137‑1 (MQ=255) ggaaaaaGTACAAAAAACAGCGTTGCAGAAAACACAATCTGCAAGAATATCCGCGGGGAAATAAAACGGGT‑ATCACCATGTAAAACGTTGTTCCGCGGGGGAGAAAAGCCCTTGAAACCGCCCCAACAGAGaatgataat < 2:843715/137‑1 (MQ=255) gAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGaatgataatga > 2:1297553/1‑140 (MQ=255) aaaaGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGaatgataatgat > 1:1060945/1‑140 (MQ=255) aaaGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCGGGAAAATAAACCGGGT‑ATCCCCATGTGAAACGTTGTTACGCGGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAatgataatgata < 2:345/140‑1 (MQ=255) tCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATaaaa > 1:1313659/1‑140 (MQ=255) tCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCA‑AATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAAt > 1:1109511/1‑140 (MQ=255) aaaCAGCGTTGCAGAAAACAAAATCTGCAAGAATATACGCGGGAAAATTAAACGGGT‑ATCCCCATGTGAAACGTTTTTACGCGGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAg < 2:765506/140‑1 (MQ=255) aaaCAGCGTTGAAGAAAACAAAATCTGCCAGAATATACGC‑GGGAAAATAAAAGGGTAACCACCATGTAAAACTTTGTTCCGCCGGGGAAAAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAg < 2:1313659/140‑1 (MQ=255) aGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGt > 1:444242/1‑140 (MQ=255) aGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGt > 2:464375/1‑140 (MQ=255) aGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGt > 1:247865/1‑140 (MQ=255) 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1:537931/1‑140 (MQ=255) cAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAAcc > 1:522697/1‑140 (MQ=255) aGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAAccc > 2:1300269/1‑140 (MQ=255) aaTATCCGCTGGAAAATAAAACGGGT‑ATCCCCATGTAAAACGTTGTTACGCGGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAg < 2:1109511/140‑1 (MQ=255) tataCGCTGGAAAATTAAACGGGT‑ATCCCCATGTAAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGct < 2:1064809/140‑1 (MQ=255) taCGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGctct > 2:1274269/1‑140 (MQ=255) gggAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAg 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ggAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGCTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGACTGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATAATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATAtt > 2:272580/1‑140 (MQ=255) gAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATAttt > 1:1351566/1‑140 (MQ=255) tAAACGGGT‑ATCCCCATGTGAAACGTTGTTACGCGGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACGGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGa < 1:1321185/140‑1 (MQ=255) gggT‑ATCACCATGTAAAGCGTTGTAACGCGGGGGAGAAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACaaaa < 1:915427/140‑1 (MQ=255) aTCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATcc > 1:829833/1‑140 (MQ=255) ttgtgAAACGTTGTTACGCGGGGGAGAAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAgg < 2:1108319/139‑1 (MQ=255) aTGTGAACCGTTGTTACGCGGGGGAGAAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAgg < 2:1037129/140‑1 (MQ=255) tgtgAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGc > 1:1197680/1‑140 (MQ=255) tgtgAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGc > 2:650274/1‑140 (MQ=255) gtgAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCg > 2:550453/1‑140 (MQ=255) gtaaaaCTTTGTTACGCGGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCg < 2:130915/137‑1 (MQ=255) aagcGTTGTTCCGCCGGGGAGTAAAGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATc < 1:776332/137‑1 (MQ=255) aaaCGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATc > 1:391180/1‑140 (MQ=255) aaCGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATcc > 2:694497/1‑140 (MQ=255) aCGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATccc > 1:495304/1‑140 (MQ=255) tttttccgcgGGGGAGAAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTgg < 1:924401/134‑1 (MQ=255) gttACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCa > 2:1382795/1‑140 (MQ=255) ttACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCaa > 2:1135043/1‑140 (MQ=255) ttACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCaa > 2:391822/1‑140 (MQ=255) cgggggAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCAATgccg < 1:843839/138‑1 (MQ=255) ggggAGAAAAGCCCTTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCAATgccgcc < 1:668197/140‑1 (MQ=255) aagaaaaGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCAATGCCGCCCAg < 2:1060945/136‑1 (MQ=255) tAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCAATGCCGCCCAGCTg > 2:1252046/1‑140 (MQ=255) aaaGCCCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCAATGCCGCCCAGCTGa < 2:1047647/140‑1 (MQ=255) aaGCCCTTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCAATGCCGCCCAGCTGaa < 2:1351566/140‑1 (MQ=255) | GCTCGCCAGTAATCCTACAAATGCAGCAAACTGGAAAAGTATCAGAAACAGCGTTGCAGGAAACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGT‑ATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCCTGGCAATGCCGCCCAGCTGAA > NC_000913/2628486‑2628761 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |