Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,801,189 | G→A | P271S (CCG→TCG) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,801,189 | 0 | G | A | 98.5% | 225.8 / ‑4.1 | 66 | P271S (CCG→TCG) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (27/38); total (27/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
CACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCAAAAATAATG > NC_000913/3801052‑3801320 | cACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGAtt > 2:387635/1‑140 (MQ=255) aaaaGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGt < 1:515533/140‑1 (MQ=255) aaaaGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTAGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGt < 1:132941/140‑1 (MQ=255) aaaGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGtt > 1:698587/1‑140 (MQ=255) aaGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTg < 2:689335/140‑1 (MQ=255) aaGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTg < 1:199068/140‑1 (MQ=255) aaGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTg < 2:435425/140‑1 (MQ=255) gATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCa < 2:202902/140‑1 (MQ=255) gATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCa < 1:376168/140‑1 (MQ=255) aTGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCAc < 1:34497/140‑1 (MQ=255) ttATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGt > 1:542795/1‑140 (MQ=255) atatCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCAc < 1:153778/134‑1 (MQ=255) atatCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCAc > 2:153778/1‑134 (MQ=255) atatCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCAc < 1:162986/134‑1 (MQ=255) atatCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCAc > 2:162986/1‑134 (MQ=255) atatCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGtat < 2:355415/140‑1 (MQ=255) atatCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGtat < 2:500902/140‑1 (MQ=255) tatCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGtata < 2:109262/140‑1 (MQ=255) atCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATaa < 1:475439/140‑1 (MQ=255) atCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATaa < 2:273696/140‑1 (MQ=255) atCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATaa < 2:542795/140‑1 (MQ=255) atCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATaa < 1:73214/140‑1 (MQ=255) tCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAAt > 1:737977/1‑140 (MQ=255) tttttAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAAt < 2:344177/140‑1 (MQ=255) tttttAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAAt > 2:7613/1‑140 (MQ=255) tttttAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAAt < 2:491386/140‑1 (MQ=255) tttttAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAAt < 2:698587/140‑1 (MQ=255) tttttAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAAt > 1:672946/1‑140 (MQ=255) ttttAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCAc < 2:541120/126‑1 (MQ=255) ttttAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCAc > 1:541120/1‑126 (MQ=255) tCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGt < 2:56148/140‑1 (MQ=255) taatTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACtt < 1:160775/140‑1 (MQ=255) ttCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAAt < 1:375524/140‑1 (MQ=255) ttCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAAt < 2:490611/140‑1 (MQ=255) cATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGc > 2:51468/1‑140 (MQ=255) gTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTta < 2:277318/140‑1 (MQ=255) gTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTta < 1:484553/140‑1 (MQ=255) ggAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTtata < 1:521309/140‑1 (MQ=255) gagTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGtt < 1:715650/140‑1 (MQ=255) tCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTg > 2:363507/1‑140 (MQ=255) tCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTg > 2:68404/1‑140 (MQ=255) tCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTg < 2:672278/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGAt < 2:167286/140‑1 (MQ=255) tCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGAtg > 1:110350/1‑140 (MQ=255) ggggAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTc < 1:68404/140‑1 (MQ=255) ggggAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTc > 1:305745/1‑140 (MQ=255) cTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTa < 1:617995/140‑1 (MQ=255) ttttATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAAtt > 1:363134/1‑140 (MQ=255) ttATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGt < 2:305745/140‑1 (MQ=255) ttATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGt < 2:104197/140‑1 (MQ=255) gTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATaaa < 2:363134/140‑1 (MQ=255) tACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAattgtat > 2:336329/1‑140 (MQ=255) tACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAattgtat > 1:120217/1‑140 (MQ=255) aTGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTAc > 1:100694/1‑140 (MQ=255) aTGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTAc > 2:612467/1‑140 (MQ=255) aTGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTAc > 1:211695/1‑140 (MQ=255) ggATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTc > 1:589980/1‑140 (MQ=255) ggATAAATTGCCCATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTc > 2:178999/1‑140 (MQ=255) cccATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCaaa > 1:559646/1‑140 (MQ=255) cccATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCaaa > 1:243053/1‑140 (MQ=255) cccATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCaaa > 2:446795/1‑140 (MQ=255) cATTTGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCaaaaa < 2:581424/140‑1 (MQ=255) tttGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCaaaaa < 1:573882/138‑1 (MQ=255) tttGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCaaaaa > 2:573882/1‑138 (MQ=255) ttGTGCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCAAAaataa > 2:65657/1‑140 (MQ=255) gtgCCACGATTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCAAAAATAATg < 1:588436/140‑1 (MQ=255) | CACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCAAAAATAATG > NC_000913/3801052‑3801320 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |