Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 23.1% | 96.4 / 13.1 | 39 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/3); new base A (0/9); total (27/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29370‑29635 | gTCCACTTTTTTCTGCTCTTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATAAAAAAAATCCCGcc < 1:232131/140‑1 (MQ=255) ttttttCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAg > 2:550279/1‑140 (MQ=255) ttCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGa > 1:639954/1‑140 (MQ=255) cTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACtttt > 1:234934/1‑140 (MQ=255) cTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACtttt > 1:474740/1‑140 (MQ=255) tttttttttttTAATGCATTTTTCTTGCTGCGCAGGCTTTTCCAAAAACAGGTTAGATGTTTTTTTTGTCTCTTAATGCCTAAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:474740/137‑1 (MQ=255) ttATTTAATGCATTTTTTTTGCTGCGAAAGCTTTTCCCAAACAAGTTTAAAGTATTTTTTTGCCGTTAAACGCTTGAAAAACATGCTTGACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGccc < 2:223323/140‑1 (MQ=255) ttttCACGCAATCTTCTTGCGGCGCAAGTTTTTCAGAGACCGGTTTAGATAATTTTTAGATCTCTTAAGGATATGAAATTAAATATCACCCACAAAATAATATAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat < 2:234934/139‑1 (MQ=255) cATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtct > 1:698560/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 2:10270/1‑140 (MQ=255) aTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGac > 1:223323/1‑139 (MQ=255) cgcAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTg > 1:767729/1‑140 (MQ=255) gcAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATTAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTTACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttttc > 1:534110/1‑138 (MQ=255) gcAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGc > 1:731938/1‑140 (MQ=255) gcAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGc > 1:657265/1‑140 (MQ=255) ttcccAGAACAGGTAAGATGTTTTTTTTTTCTTTAAATCCTTAAAAAACATGAAGGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAtt < 2:800609/137‑1 (MQ=255) aaCGGGTTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGt < 1:550279/140‑1 (MQ=255) gTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 2:786657/1‑140 (MQ=255) atgatCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAttt > 1:776701/1‑140 (MQ=255) atgatCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAttt > 2:607342/1‑140 (MQ=255) tatttttttGTCTCTAAATGCCTAAAAACCTTGCATGACCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGc < 1:933346/136‑1 (MQ=255) atCTTTTTGCCGCTTAATGCCAAAAAACCATGGAAGAGCAAAAAAATAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 1:771122/140‑1 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:769872/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:775067/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:784013/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:791614/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 2:7039/1‑140 (MQ=255) ttttGTCGTTTAATCCCTAAAAAACATACATGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGa < 2:949048/140‑1 (MQ=255) ttGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAtt > 2:280079/1‑140 (MQ=255) ttCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTa < 1:336188/139‑1 (MQ=255) gTCGTTAAATGCTTAAAAAACATGCAGGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTa < 2:776701/140‑1 (MQ=255) gTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGa > 2:389066/1‑140 (MQ=255) tAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa > 2:1052549/1‑140 (MQ=255) aCATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTaa < 2:731938/140‑1 (MQ=255) atgcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGCTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata > 2:800561/1‑140 (MQ=255) atgaatgaCCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 1:317773/140‑1 (MQ=255) atgaatgaCCCAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 2:127067/140‑1 (MQ=255) tgcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAatat > 1:788067/1‑140 (MQ=255) gcatgAACAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg < 2:822595/140‑1 (MQ=255) gaatgACCCAAAAAAAAAAAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg < 1:1080068/138‑1 (MQ=255) catgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGc > 1:127067/1‑140 (MQ=255) gAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCaaa < 1:607342/140‑1 (MQ=255) ccACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATaa > 1:715215/1‑140 (MQ=255) acaAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 1:389066/140‑1 (MQ=255) acaAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag > 1:135434/1‑140 (MQ=255) aaaaaaTAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 1:786657/138‑1 (MQ=255) aataaaAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtgag < 2:204920/140‑1 (MQ=255) tataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat < 2:775067/140‑1 (MQ=255) taAAAAAACCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAatat < 2:791614/140‑1 (MQ=255) | GTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29370‑29635 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |