| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 26.7% | 64.3 / 10.2 | 30 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/1); new base A (0/8); total (21/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29394‑29633 | ttttAATGCATTTTTTTTGCTGCGAAGGCTTTTCCAAGAACGGTTT‑AAATGTTTTTTTTGTCGTTTAAT‑GCTTTAAAAACATGAATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat < 2:375196/139‑1 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 2:455532/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:217314/1‑140 (MQ=255) ttctgGCGGCGCAGGC‑TTTTCCAAAAACGGTTAAGATGATTTTTTTGCCGTTTAAT‑CCTTGAAAAACATGCATGAGCAAAAAAATAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgc < 2:525863/140‑1 (MQ=255) ctgcGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGt > 2:282443/1‑140 (MQ=255) gcgcAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 1:523075/1‑140 (MQ=255) cgcAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTg > 1:117070/1‑140 (MQ=255) cgcAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTg > 1:73177/1‑140 (MQ=255) aaGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTC‑CTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAg > 2:212588/1‑140 (MQ=255) ccAGAACAGGTA‑AGATTTTTTTTTTTTCG‑TTAATGGCCTGAAAAACATGGATGGGCCAAAAAATAAAATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgt < 2:73177/140‑1 (MQ=255) gAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCgg > 2:214531/1‑140 (MQ=255) gttttttttGCCGCTTAAT‑CCTTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGc < 1:403589/136‑1 (MQ=255) atCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa > 1:143056/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:493865/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:613129/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:217142/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:179232/1‑140 (MQ=255) tttttGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTg > 1:481590/1‑140 (MQ=255) tGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAttt > 1:345118/1‑140 (MQ=255) gCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt > 1:114972/1‑140 (MQ=255) ttAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtca < 1:212588/140‑1 (MQ=255) ttAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtca < 1:214531/140‑1 (MQ=255) ccttaaaaaaCATGAATGACCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCAtt < 2:368402/134‑1 (MQ=255) ccTGAAAAACATGCAGGACCCAAAAAATAAAAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtg < 2:613129/140‑1 (MQ=255) ttaaaaaaCATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgt < 2:481590/136‑1 (MQ=255) ctgcttgACCGACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 2:114972/139‑1 (MQ=255) atgcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata > 2:232666/1‑140 (MQ=255) atgcatgACCCACAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 2:179232/140‑1 (MQ=255) atgaatgaCACAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAata < 2:217142/140‑1 (MQ=255) tgcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAatat > 2:584309/1‑140 (MQ=255) gcatgAGCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg < 2:604740/140‑1 (MQ=255) catgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCAATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGc > 2:486632/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaaaaaaTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 2:493865/138‑1 (MQ=255) caAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagt > 2:256290/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaaACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg < 1:455532/140‑1 (MQ=255) aataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGTAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga > 2:204308/1‑140 (MQ=255) tataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat > 1:140212/1‑140 (MQ=255) | ATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29394‑29633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |