| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,926,366 | 0 | A | C | 29.5% | 138.6 / 24.9 | 79 | G30G (GGT→GGG) | mioC | flavoprotein MioC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/13); new base C (0/23); total (42/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCG > NC_000913/3926231‑3926502 | ttCCTGAAATGTTTCATAAAAAGGAGAAAGGTTGCCCGGAATACCCCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGACCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGGGCAGCGTTCC‑GGTGGAAAAC‑CCCg < 2:1109107/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATACCCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGc < 2:741025/140‑1 (MQ=255) cTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCct > 1:513489/1‑140 (MQ=255) cTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCct > 1:307973/1‑140 (MQ=255) gCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTAATACCCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTA‑‑‑‑‑‑‑ACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGAAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCa < 2:386469/140‑1 (MQ=255) cTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGc > 2:803624/1‑140 (MQ=255) ttCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCt < 2:820811/140‑1 (MQ=255) agaaaggagaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATACCCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCTTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCa < 2:483151/140‑1 (MQ=255) agaaaggagaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGGGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCa < 2:41563/140‑1 (MQ=255) aaaggagaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGc > 2:324941/1‑140 (MQ=255) aaggagaaaggTTGTCGGGAATATCCCCGGCACGGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑CCCAGCCCCCTGAGGAAGGTAAATCTTCTAAGAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GTTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGcc < 2:1078916/140‑1 (MQ=255) aggagaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCa > 1:442819/1‑140 (MQ=255) aggagaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCa > 1:1093622/1‑140 (MQ=255) ggagaaaggTTGTCGGGAATATCTCCGGCGCCGTGGGTGGGGCTGATAACGA‑GCGAGTCCCCTGGGGCAGGTAAATCTTCTAACGCCGGCCCGTGCCGGGTTTG‑GGGGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAg < 2:401201/140‑1 (MQ=255) agaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAggg > 2:898142/1‑139 (MQ=255) agaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgt > 1:1053161/1‑140 (MQ=255) gaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCCCCGTGGGGGGGGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgtg < 1:1014175/140‑1 (MQ=255) aaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCTTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGtt < 2:142065/140‑1 (MQ=255) gTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGGGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGGGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTg < 2:1068253/140‑1 (MQ=255) gTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTg > 1:1018196/1‑140 (MQ=255) tGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGCCCGTGCAGCTTTTC‑GGTGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCt < 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tccccGGCCCCGTGGGTGGAGCTGATACCCA‑GCAAGATCCCTGAGGCAGGAAAATCTTCTAACAGCGGCCCGGGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGc < 2:307973/137‑1 (MQ=255) ctcCGGCCCCGTGGGTGGAGCTAATACCCA‑GCCAGACCCTTGAGGCAGGAAATTCTTCTAACAGCGGCCCGTGCAGCTTTTG‑GGTGTAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCa < 2:302397/140‑1 (MQ=255) cccggacccGTGGGGGGAGCTGA‑AACCAGGCCAGTTCCCGGAGGAAGAAAATTCTTCAAACCGCGGGCGGTGCGGCTTTTG‑GGTGGAAAAG‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCAc < 2:846723/133‑1 (MQ=255) gCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCAccgcc > 1:150850/1‑140 (MQ=255) cccGGGGGGGGAGGAGAAACCCA‑GCCAGACCCCGGAGGCAGGTAAATCTTCTAACGGGGGCCCGGGCAGCTTTTG‑GGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGa < 2:442819/139‑1 (MQ=255) ggggggtggGGCTGATACCCA‑GCCAGTCCCCGGAGGCGGGTAATTCTTTTAACAGCGGCCCGGGCAGCGTTTC‑GGTGTAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAgg < 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2:162162/139‑1 (MQ=255) gggTTTC‑GGGGGGAAAACCCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGt < 2:1018196/138‑1 (MQ=255) gctttC‑GGGGGAAAAACCCCGCCTCTTCCAGTTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTAAATATCCGGCCCCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTa < 2:515802/138‑1 (MQ=255) cGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTAc > 1:745061/1‑140 (MQ=255) c‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCtgt > 1:162162/1‑140 (MQ=255) c‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCtgt > 2:1068384/1‑140 (MQ=255) gtgatAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGa < 1:898142/140‑1 (MQ=255) tggtAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 2:912446/140‑1 (MQ=255) tggtAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 1:188501/140‑1 (MQ=255) gggtAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 1:451796/139‑1 (MQ=255) gggaaaac‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 1:803624/136‑1 (MQ=255) aaaaac‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAcg < 2:330047/138‑1 (MQ=255) aaac‑CCCGCCTCTCCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAcgcg < 2:410487/140‑1 (MQ=255) | TTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCA‑GCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCG > NC_000913/3926231‑3926502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |