Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 40.0% | 39.8 / 19.7 | 25 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/0); new base T (0/10); total (15/10) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111623‑4111885 | tCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑ATGACCGCGACAACATAACGCAGTGCACCCTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGtt > 1:867785/1‑140 (MQ=255) accctcaaaGCGATTCAGATAGCCCCAGCTAAATCGGTACAACAGCGAAGGCCACCCCTTTTTCGCCG‑TTGCCCGCGACAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTtagt < 2:982885/133‑1 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:567000/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCAACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:330444/1‑140 (MQ=255) aGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtg > 2:94447/1‑140 (MQ=255) gCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgt > 2:562314/1‑140 (MQ=255) cTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgtg > 1:740435/1‑140 (MQ=255) aaTCGTTTCAACAGAGAAGGTCACCCCTTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGAAAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 2:320770/140‑1 (MQ=255) aaTCGCTTCAACCACGAAGGCCCCCCCTTTTCCGCCG‑TTGCCCGCAAAAACATAACCCTGTGCCCTTTCTGTTCGGGTTAAATATTTTTTGTTTCTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 2:257818/140‑1 (MQ=255) tCGGTTCAACAGCGAAGGCCACCCCTTTTCCGCTG‑TTGCCCGCAACAACATAACGCAGTCCACCTTCTGTCTGGGTTTAATATTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTg < 2:469640/140‑1 (MQ=255) ggTTCAACAGCGAGGCCCCCCCTCTTTCCGCCG‑TTGCCCGCAACAAAAAAACGCATTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATATCGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:381111/140‑1 (MQ=255) ttCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa > 1:320770/1‑140 (MQ=255) ttCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa > 1:257818/1‑140 (MQ=255) ttCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa > 1:898034/1‑140 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAtctgtc > 1:507471/1‑135 (MQ=255) aGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAgtgt > 1:544018/1‑140 (MQ=255) ccccTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGc > 1:43538/1‑140 (MQ=255) ccccTTTTCCCCGTTTGCCCGCAACAACATACCGCGGTCCCCTTCCTGTTTGGGTATAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGtgtg < 2:471412/140‑1 (MQ=255) gctg‑TTGTCAGCGACAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAATGTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 1:354097/137‑1 (MQ=255) tttGCCCGCGACAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 1:129658/139‑1 (MQ=255) tttGCCCGCGAAAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 1:94447/139‑1 (MQ=255) tgcccGCAACAAAATAACGCGGTCCCCCTTCTGTTTGGGTTTAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCAACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGcc < 2:330444/137‑1 (MQ=255) caTAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGa > 2:695247/1‑140 (MQ=255) aGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATAACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgc > 1:1171725/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:1121646/1‑140 (MQ=255) cccTTCTGTCGCGGTTTAATACCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGctttcgctttcg < 2:898034/139‑1 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 1:906362/1‑140 (MQ=255) aatagCGTTTTTTTCTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGc < 2:806787/140‑1 (MQ=255) taaCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGccc < 1:562314/140‑1 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:865415/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:490353/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 2:982852/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 2:802098/1‑140 (MQ=255) | TCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCG‑TTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111623‑4111885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |