| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,921,953 | (G)6→5 | coding (99/816 nt) | atpB ← | ATP synthase Fo complex subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,921,948 | 0 | G | . | 98.2% | 226.1 / ‑1.9 | 54 | coding (104/816 nt) | atpB | ATP synthase Fo complex subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base . (19/34); total (20/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
CAGCTCAATCGCGGTCTGAAACTTACCTGGCACACCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGC > NC_000913/3921809‑3922083 | cAGCTCAATCGCGGTCTGAAACTTACCTGGCACACCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTg < 1:74394/140‑1 (MQ=255) gCTCAATCGCGGTCTGAAACTTACCTGGCACACCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTggg > 1:571081/1‑140 (MQ=255) tCAATCGCGGTCTGAAACTTACCTGGCACACCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTggggg < 1:661049/140‑1 (MQ=255) tCAATCGCGGTCTGAAACTTACCTGGCACACCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTggggg < 2:561999/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTGGCACACCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCgaga < 1:871154/140‑1 (MQ=255) ggCACACCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAAt < 2:763612/140‑1 (MQ=255) cacCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTAc > 2:875150/1‑140 (MQ=255) cGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGCAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAATAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCa > 1:967512/1‑140 (MQ=255) gCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAGTATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAg > 2:442188/1‑140 (MQ=255) tGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGt < 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(MQ=255) tAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTcc > 1:1017876/1‑140 (MQ=255) ccAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGt > 1:84989/1‑140 (MQ=255) caacaGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTg < 2:571081/140‑1 (MQ=255) aGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTgcggc < 1:875150/140‑1 (MQ=255) gCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCatat > 1:1011874/1‑140 (MQ=255) gCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCatat > 1:532483/1‑140 (MQ=255) accGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCt > 2:559189/1‑140 (MQ=255) ccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTg > 2:458672/1‑140 (MQ=255) cGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGa < 2:769477/140‑1 (MQ=255) agaagaACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAg < 2:1017876/140‑1 (MQ=255) aagaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGcc > 1:286675/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tgattgTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAGGCCATGATGCCTTTTACCCttt < 2:1011874/140‑1 (MQ=255) gattgTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttg > 2:176/1‑140 (MQ=255) gattgTCCAGAAGGTGGCT‑‑GGGGTTTTGTTGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgt > 1:432448/1‑140 (MQ=255) attgTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgt > 1:160173/1‑140 (MQ=255) ttgTCCAGAAGGTGGCT‑‑GGGGTTTTGTTGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgttg < 2:432448/140‑1 (MQ=255) tgTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgttg < 2:967512/140‑1 (MQ=255) tgTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgttg < 1:616337/140‑1 (MQ=255) gTCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTtgttgt < 1:394046/140‑1 (MQ=255) tCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTAcc < 2:919639/130‑1 (MQ=255) tCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTAcc > 1:919639/1‑130 (MQ=255) tCCAGAAGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTgttgtt > 1:385650/1‑140 (MQ=255) aaGGTGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTa < 1:458672/140‑1 (MQ=255) tGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTTCCCTTTGTTGTTAATTACAGc < 2:286675/140‑1 (MQ=255) tGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGc < 1:750583/140‑1 (MQ=255) tGGCT‑GGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGc < 1:176/140‑1 (MQ=255) | CAGCTCAATCGCGGTCTGAAACTTACCTGGCACACCGCTGGTCGCCTTTTTGGCTACGCTACGGAATAAAACCAGGAACAACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGC > NC_000913/3921809‑3922083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |